INFO : Successfully started log file 'model.loop_uber.log' ________________________________________________________________________________ Nova Protein structure prediction by fragment assembly (Ver. 0.6.6) ________________________________________________________________________________ INFO : Printing configuration for program 'nova' INFO : Configuration file '/bmm/www/servers/phyre2/bin/loop_uber.config' ________________________________________________________________________________ [Query Input] FASTA_FILE = /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/a66f857893246aee/input.fasta PSSM_FILE = /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/a66f857893246aee/assembler.pssm MODEL_START_LIST = model_start.list BUILD_INITIAL_REFERENCE = 0 BUILD_UP_MAX_MODELS = 1 ________________________________________________________________________________ [Energy Functions] PP_STUB = /bmm/www/servers/phyre2/bin/assembler_data/default.pp SP_STUB = /bmm/www/servers/phyre2/bin/assembler_data/default.sp BBDEP_LIBRARY_THRESHOLD = 0.9 RADIUS_OF_GYRATION_THRESHOLD = 2 RADIUS_OF_GYRATION_ABSOLUTE = 0 CBCB_CONTACT_DIST = 7.5 CONTACT_GAP = 5 MAXSUB_DIST = 6 MAXSUB_ITER = 1 RMSD_DIST = 6 HBOND_SEPARATION = 5 RESIDUE_PROB_CUT_OFF = 0.2 PP_RESIDUE_PROB_CUT_OFF = 0.4 MAX_CALIBRATE_ENERGY = 500 CUTOFF_PHI_PSI = 0.001 TORSION_BILINEAR = 1 LJ_SWITCH_RATIO = 0.7 ENERGY_SET_MODE = 0 NUMBER_OF_ENERGY_SETS = 1 ________________________________________________________________________________ [Energy Set 1] T_LIMIT = 0 WEIGHT_PAIR_POTENTIAL = 0.215 WEIGHT_SOLVATION_POTENTIAL = 1 WEIGHT_STERIC_ENERGY = 5.03 WEIGHT_RADIUS_OF_GYRATION = 2.83 WEIGHT_TORSION_ENERGY = 1.14 WEIGHT_HBONDS_ORIENT = 5.27 STERIC_CLASH = 1 PAIR_SEPARATION_MIN = 3 SS_METHOD = 0 ENERGY_SCALE_FACTOR = 0 ________________________________________________________________________________ PROB_REFINE_HELIX = 1 PROB_REFINE_SHEET = 1 PROB_REFINE_COIL = 1 ________________________________________________________________________________ PROB_SHEAR_STRAND_C = 0 PROB_PHI_PSI_TWIST_C = 0 PROB_PHI_PSI_TILT_C = 0 PROB_TEMPLATE_SPLICE_C = 0 PROB_FRAG_9_C = 0 PROB_FRAG_3_C = 1 PROB_GUNN_COST_9_C = 0 PROB_GUNN_COST_3_C = 0 PROB_STABILISE_TWIST_C = 0 PROB_STABILISE_TILT_C = 0 PROB_STABILISE_TEMPLATE_C = 0 PROB_STABILISE_FRAG_9_C = 0 PROB_STABILISE_FRAG_3_C = 0 PROB_STABILISE_GUNN_9_C = 0 PROB_STABILISE_GUNN_3_C = 0 ________________________________________________________________________________ FULL_ATOM_MODEL = 0 ________________________________________________________________________________ [Model Building] MAX_MODELS = 1000 MAX_BUILD_ITERATIONS = 100 MAX_JOIN_ITERATIONS = 5 MAX_JOIN_REFINE_ITERATIONS = 5 MAX_REFINE_ITERATIONS = 5 MAX_SPLICE_ITERATIONS = 5 SHEAR_STRAND_DISTANCE = 3.8 PHI_PSI_TWIST_LENGTH = 3 PHI_PSI_TWIST_RANGE = 5 PHI_PSI_TILT_LENGTH = 5 PHI_PSI_TILT_RANGE = 15 STABILISE_SIZE = 5 STABILISE_RESTRICT = 1 STABILISE_ITERATIONS = 3 STABILISE_BREAK_THRESHOLD = 1 STABILISE_HELIX = 0 STABILISE_STRAND = 1 STABILISE_MAX_ANGLE_UPDATE = 15 STABILISE_UPDATE_FRACTION = 1 SHEAR_LOOP_SIZE = 8 SHEAR_LOOP_COIL_SIZE = 5 SHEAR_MAX_CCD_ITERATIONS = 300 SHEAR_CCD_THRESHOLD = 0.3 SHEAR_CCD_NC_THRESHOLD = 0.1 SHEAR_CCD_RESTRICT = 0 SHEAR_MAX_ANGLE_UPDATE = 15 SHEAR_MAX_UPDATE_FRACTION = 1 REPACK_FREQUENCY = 25 REPACK_RANDOM = 2 REPACK_THRESHOLD = 0.7 GUNN_COST_UPPER = 0.03 GUNN_COST_LOWER = 11.4701 MAX_MSD_DEVIATION = 16 RESEED_RESTRICTION_INTERVAL = 0 RANDOM_LIST_L = 0 RANDOM_LIST_9 = 0 RANDOM_LIST_3 = 0 RANDOM_LIST_TEMPLATE = 0 RANDOM_BUILD = 0 ________________________________________________________________________________ [Simulated Annealing] T_START_TEMP = 10 T_END_TEMP = 0 CALIBRATION_SEED = 0 T_CALIBRATION_FACTOR = 10 ENERGY_CALIBRATION_FACTOR = 4 MAX_CALIBRATE_START = 500 T_CALIBRATION_FACTOR = 10 T_REDUCE_FACTOR_EXP = 0.5 T_REDUCE_FACTOR_STEPS = 50 RATIO_EXP_TO_LINEAR_SWITCH = 1 MIN_TEMP_THRESHOLD = 0 MAX_TEMP_ITER = 1000 MAX_TEMP_REFINE = 100 MAX_STOP_ITER = 30000 MAX_STOP_REFINE = 2000 DELTA_ROLL_SIZE = 0 DELTA_STOP_THRESHOLD = 0 MAX_QUENCH = 5000 NO_TEMPLATE_RATIO = 0.2 ________________________________________________________________________________ [Loop Modelling] MODEL_LOOPS = 1 LOOP_DATABASE = /bmm/www/servers/phyre2/bin/loopdb MIN_LOOP_SIZE = 2 MAX_LOOP_SIZE = 15 POSITIONAL_GAPS = 1 TRIM_BACK = 1 TRIM_BACK_STERIC_CHECKS = 1 MAX_TRIM_RES = 5 MAX_TRIM_EDGE = 3 TRIM_BACK_GOODNESS = 1 SIZE_TRIM_BACK_AV = 0 MAX_SELECT_LOOPS = 500 TOLERANCE = 0.75 RMSD_WEIGHT = 80.5 RMSD_BENCHMARK = 0 FIT_ON_TRIANGLE = 0 CHECK_STERIC_CLASH = 1 CHECK_STERIC_ENERGY = 0 STERIC_ENERGY_THRESHOLD = 0.5 ABINITIO_LOOPS = 0 ABINITIO_ENDS = 0 ABINITIO_TRIM_COUNT = 0 MAX_LOOP_MODELS = 1000 CCD_LOOP_CLOSURE_TOLERANCE = 6 CCD_FAILURE_TOLERANCE = 0 LOOP_SELECTION_TOLERANCE = 9 MAX_CCD_LOOPS = 20 CCD_DIRECTION = 1 CCD_CLOSURE_RMSD = 0.08 CCD_CLOSURE_NC_DEVIATION = 0.1 CCD_MAX_ITER = 5000 CCD_RESTRICT = 1 CCD_MAX_ANGLE_UPDATE = 15 CCD_MAX_UPDATE_FRACTION = 1 MAX_COMBINE_LOOPS = 10 START_T = 2 STEPS_PER_LOOP = 100 REPLACE_TRIMMED = 1 KNOT_FIND = 1 ________________________________________________________________________________ [Logging] LOG_LEVEL = 1 LOG_TIME = 0 LOG_FILE = 0 LOG_FILE_NAME = model.loop_uber.log FOLDING_PATH = 0 OUTPUT_DIR = loop USE_COMPRESSION = 0 FIT_ON_PREVIOUS = 0 USAGE_FILE = nova.model_usage MODEL_START_NO = 1 MODEL_END_NO = 0 OUTPUT_FREQUENCY = 100 UNWEIGHTED_OUTPUT = 0 SPLICE_INFO = 1 SPLICE_FILE = nova.splice_info FRAGVAR_INFO = 0 BAD_FRAG_DIR = nova_bad REFINE_RRG_LIMIT = 0 STOP_FILE = assembler.stop OUTPUT_LOOPS = 0 ________________________________________________________________________________ [Benchmark] BACKBONE_RMSD = 0 OUTPUT_RMSD = 0 OUTPUT_MAXSUB = 0 REFINE_STATS_FREQUENCY = 0 REFINE_STATS_MAX = 20 REFINE_TIME_FREQUENCY = 0 REFINE_TIME_MAX = 5000 MAXSUB_DIST = 6 MAXSUB_ITER = 0 ________________________________________________________________________________ INFO : Reading FASTA sequence file INFO : Reading query PSSM file INFO : Reading Pair-potential file INFO : Reading Solvation-potential file INFO : Reading PDB list file 'model_start.list' INFO : Successfully read 0 PDBs INFO : Successfully read 1 / 1 PDBs from list file 'model_start.list' INFO : Initialising build models routine INFO : Energy Set 1 - C cumul prob_shear_strand = 0.000000 INFO : Energy Set 1 - C cumul prob_phi_psi_twist = 0.000000 INFO : Energy Set 1 - C cumul prob_phi_psi_tilt = 0.000000 INFO : Energy Set 1 - C cumul prob_template_splice = 0.000000 INFO : Energy Set 1 - C cumul prob_frag_9 = 0.000000 INFO : Energy Set 1 - C cumul prob_frag_3 = 1.000000 INFO : Energy Set 1 - C cumul prob_gunn_cost_9 = 1.000000 INFO : Energy Set 1 - C cumul prob_gunn_cost_3 = 1.000000 ________________________________________________________________________________ INFO : Entering build loops routine ________________________________________________________________________________ INFO : Processing starting model 1 - c6urfB_.1.pdb ________________________________________________________________________________ INFO : Performing trim back INFO : Chain break between residues 60 - 61 INFO : Trim Back 60 - 61 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 60 - 61 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 60 - 62 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 60 - 62 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 60 - 63 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 60 - 63 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 60 - 64 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 60 - 64 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 59 - 61 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 59 - 61 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 59 - 62 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 59 - 62 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 59 - 63 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 59 - 63 : Extraction identifed 400 loops INFO : Trim Back 59 - 64 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 59 - 64 : Extraction identifed 188 loops INFO : Trim Back 58 - 61 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 58 - 61 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 58 - 62 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 58 - 62 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 58 - 63 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 58 - 63 : Extraction identifed 639 loops INFO : Trim Back 58 - 64 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 58 - 64 : Extraction identifed 647 loops INFO : Trim Back 57 - 61 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 57 - 61 : Extraction identifed 24 loops INFO : Trim Back 57 - 62 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 57 - 62 : Extraction identifed 107 loops INFO : Trim Back 57 - 63 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 57 - 63 : Extraction identifed 693 loops INFO : Trim back to residues 57 - 63 ________________________________________________________________________________ INFO : Modelling loops ________________________________________________________________________________ INFO : Gap size 6 between position 57 and 63 : Seq = 'PPLDSDQ' INFO : Stem parameters: x = 6.95; y = 2.78; beta = 0.78; gamma = -0.14 INFO : Searching loop database file '/bmm/www/servers/phyre2/bin/loopdb/6/2/size.6.b' INFO : Searching loop database file '/bmm/www/servers/phyre2/bin/loopdb/6/3/size.6.b' INFO : Searching loop database file '/bmm/www/servers/phyre2/bin/loopdb/6/4/size.6.b' INFO : Searching loop database file '/bmm/www/servers/phyre2/bin/loopdb/7/2/size.6.b' INFO : Searching loop database file '/bmm/www/servers/phyre2/bin/loopdb/7/3/size.6.b' INFO : Searching loop database file '/bmm/www/servers/phyre2/bin/loopdb/7/4/size.6.b' INFO : Searching loop database file '/bmm/www/servers/phyre2/bin/loopdb/8/2/size.6.b' INFO : Searching loop database file '/bmm/www/servers/phyre2/bin/loopdb/8/3/size.6.b' INFO : Searching loop database file '/bmm/www/servers/phyre2/bin/loopdb/8/4/size.6.b' INFO : Identified 27010 potential loops INFO : Ranking by goodness INFO : Extracting 1 / 895 from database INFO : Extracting 21 / 895 from database INFO : Extracting 41 / 895 from database INFO : Extracting 61 / 895 from database INFO : Extracting 81 / 895 from database INFO : Extracting 101 / 895 from database INFO : Extracting 121 / 895 from database INFO : Extracting 141 / 895 from database INFO : Extracting 161 / 895 from database INFO : Extracting 181 / 895 from database INFO : Extracting 201 / 895 from database INFO : Extracting 221 / 895 from database INFO : Extracting 241 / 895 from database INFO : Extracting 261 / 895 from database INFO : Extracting 281 / 895 from database INFO : Extracting 301 / 895 from database INFO : Extracting 321 / 895 from database INFO : Extracting 341 / 895 from database INFO : Extracting 361 / 895 from database INFO : Extracting 381 / 895 from database INFO : Extracting 401 / 895 from database INFO : Extracting 421 / 895 from database INFO : Extracting 441 / 895 from database INFO : Extracting 461 / 895 from database INFO : Extracting 481 / 895 from database INFO : Extracting 501 / 895 from database INFO : Extracting 521 / 895 from database INFO : Extracting 541 / 895 from database INFO : Extracting 561 / 895 from database INFO : Extracting 581 / 895 from database INFO : Extracting 601 / 895 from database INFO : Extracting 621 / 895 from database INFO : Extracting 641 / 895 from database INFO : Extracting 661 / 895 from database INFO : Extracting 681 / 895 from database INFO : Extracting 701 / 895 from database INFO : Extracting 721 / 895 from database INFO : Extracting 741 / 895 from database INFO : Extracting 761 / 895 from database INFO : Extracting 781 / 895 from database INFO : Extracting 801 / 895 from database INFO : Extracting 821 / 895 from database INFO : Extracting 841 / 895 from database INFO : Extracting 861 / 895 from database INFO : Extracting 881 / 895 from database INFO : Ranking by loop score INFO : Rank Score = Seq - 80.50 * rms^2 (goodness) : Target seq = PPLDSDQ INFO : 1 6.787 = 10.000 - 80.50 * 0.200^2 ( 1.004) : PLVDDST : Loop ID = 668 : 1J1TA.pdb.bin ( 21 - 27) INFO : 2 6.620 = 8.000 - 80.50 * 0.131^2 ( 0.626) : TARDEDD : Loop ID = 266 : 1HQZ1.pdb.bin ( 116 - 122) INFO : 3 6.487 = 7.000 - 80.50 * 0.080^2 ( 0.271) : IPRNAEE : Loop ID = 39 : 1BCH1.pdb.bin ( 64 - 70) INFO : 4 6.454 = 7.000 - 80.50 * 0.082^2 ( 0.200) : IPRNAEE : Loop ID = 26 : 1FIFA.pdb.bin ( 64 - 70) INFO : 5 6.443 = 9.000 - 80.50 * 0.178^2 ( 0.561) : TPRNAEE : Loop ID = 221 : 1RDO1.pdb.bin ( 27 - 33) INFO : 6 6.404 = 7.000 - 80.50 * 0.086^2 ( 0.284) : IPRNAEE : Loop ID = 46 : 1BCJ1.pdb.bin ( 64 - 70) INFO : 7 6.368 = 8.000 - 80.50 * 0.142^2 ( 0.418) : QPLTRNT : Loop ID = 103 : 1YSQA.pdb.bin ( 87 - 93) INFO : 8 6.336 = 7.000 - 80.50 * 0.091^2 ( 0.281) : IPRNAEE : Loop ID = 44 : 1KX0A.pdb.bin ( 64 - 70) INFO : 9 6.138 = 7.000 - 80.50 * 0.104^2 ( 0.481) : IPRNAEE : Loop ID = 151 : 2MSBA.pdb.bin ( 27 - 33) INFO : 10 6.064 = 7.000 - 80.50 * 0.108^2 ( 0.393) : IPRNAEE : Loop ID = 87 : 1AFB1.pdb.bin ( 64 - 70) INFO : 11 6.022 = 7.000 - 80.50 * 0.110^2 ( 0.231) : IPRNAEE : Loop ID = 30 : 3KMB1.pdb.bin ( 64 - 70) INFO : 12 5.996 = 7.000 - 80.50 * 0.112^2 ( 0.160) : IPRNAEE : Loop ID = 17 : 1KWZA.pdb.bin ( 64 - 70) INFO : 13 5.946 = 6.000 - 80.50 * 0.026^2 ( 0.025) : PFPDTSY : Loop ID = 1 : 1EDE_.pdb.bin ( 208 - 214) INFO : 14 5.897 = 6.000 - 80.50 * 0.036^2 ( 0.048) : PFPDTSY : Loop ID = 2 : 1B6G_.pdb.bin ( 207 - 213) INFO : 15 5.818 = 6.000 - 80.50 * 0.048^2 ( 0.179) : PFPDTSY : Loop ID = 23 : 1BEZ_.pdb.bin ( 208 - 214) INFO : 16 5.552 = 6.000 - 80.50 * 0.075^2 ( 0.440) : PSLHKMS : Loop ID = 118 : 1TWFA.pdb.bin ( 446 - 452) INFO : 17 4.710 = 6.000 - 80.50 * 0.127^2 ( 0.627) : PIKDQAD : Loop ID = 268 : 1GKZA.pdb.bin ( 73 - 79) INFO : 18 4.630 = 10.000 - 80.50 * 0.258^2 ( 0.497) : LPTDNGK : Loop ID = 162 : 1N57A.pdb.bin ( 56 - 62) INFO : 19 4.620 = 7.000 - 80.50 * 0.172^2 ( 1.217) : TNQDSER : Loop ID = 895 : 1ESC_.pdb.bin ( 21 - 27) INFO : 20 4.472 = 5.000 - 80.50 * 0.081^2 ( 0.365) : DKLGSKR : Loop ID = 74 : 2FB1A.pdb.bin ( 188 - 194) INFO : 21 4.340 = 10.000 - 80.50 * 0.265^2 ( 0.858) : LPTDNGK : Loop ID = 504 : 1IZZA.pdb.bin ( 55 - 61) INFO : 22 3.729 = 6.000 - 80.50 * 0.168^2 ( 0.539) : TPRNAAE : Loop ID = 199 : 1HUP_.pdb.bin ( 56 - 62) INFO : 23 3.713 = 13.000 - 80.50 * 0.340^2 ( 0.680) : EILDGDK : Loop ID = 313 : 1FTPA.pdb.bin ( 43 - 49) INFO : 24 3.317 = 17.000 - 80.50 * 0.412^2 ( 0.887) : TPLDASD : Loop ID = 535 : 1SDWA.pdb.bin ( 10 - 16) INFO : 25 3.016 = 5.000 - 80.50 * 0.157^2 ( 1.016) : PAVTNAD : Loop ID = 680 : 1G43A.pdb.bin ( 85 - 91) INFO : 26 2.725 = 11.000 - 80.50 * 0.321^2 ( 1.084) : LPTDSGA : Loop ID = 771 : 1SR4A.pdb.bin ( 105 - 111) INFO : 27 2.715 = 5.000 - 80.50 * 0.168^2 ( 0.516) : RTLDNGG : Loop ID = 173 : 1QCFA.pdb.bin ( 124 - 130) INFO : 28 2.079 = 11.000 - 80.50 * 0.333^2 ( 0.917) : EPLGGNR : Loop ID = 568 : 1WUBA.pdb.bin ( 87 - 93) INFO : 29 1.876 = 8.000 - 80.50 * 0.276^2 ( 0.660) : PSLGYEN : Loop ID = 297 : 2B61A.pdb.bin ( 268 - 274) INFO : 30 1.791 = 2.000 - 80.50 * 0.051^2 ( 0.079) : QPQGREP : Loop ID = 4 : 1OJ5A.pdb.bin ( 42 - 48) INFO : 31 1.691 = 6.000 - 80.50 * 0.231^2 ( 1.068) : PPDRVGR : Loop ID = 739 : 1P27A.pdb.bin ( 77 - 83) INFO : 32 1.499 = 2.000 - 80.50 * 0.079^2 ( 0.180) : QGTDFSE : Loop ID = 24 : 1CFYA.pdb.bin ( 114 - 120) INFO : 33 1.299 = 6.000 - 80.50 * 0.242^2 ( 0.634) : VPRKSGR : Loop ID = 275 : 1RYIA.pdb.bin ( 247 - 253) INFO : 34 1.089 = 2.000 - 80.50 * 0.106^2 ( 0.689) : TPLPFIG : Loop ID = 321 : 1Z10A.pdb.bin ( 8 - 14) INFO : 35 1.063 = 8.000 - 80.50 * 0.294^2 ( 0.481) : RKLDSGG : Loop ID = 152 : 1BKL_.pdb.bin ( 59 - 65) INFO : 36 0.407 = 2.000 - 80.50 * 0.141^2 ( 0.243) : KPKTPNT : Loop ID = 34 : 1MKMA.pdb.bin ( 157 - 163) INFO : 37 0.405 = 3.000 - 80.50 * 0.180^2 ( 0.690) : PAFYGGR : Loop ID = 322 : 1GQ6A.pdb.bin ( 142 - 148) INFO : 38 0.394 = 2.000 - 80.50 * 0.141^2 ( 1.077) : PFLKPVD : Loop ID = 763 : 1BN7A.pdb.bin ( 188 - 194) INFO : 39 0.375 = 4.000 - 80.50 * 0.212^2 ( 0.451) : NPQDFID : Loop ID = 128 : 1R9OA.pdb.bin ( 221 - 227) INFO : 40 0.226 = 8.000 - 80.50 * 0.311^2 ( 0.606) : DPTDCAD : Loop ID = 244 : 1JC9A.pdb.bin ( 0 - 6) INFO : 41 0.199 = 4.000 - 80.50 * 0.217^2 ( 1.074) : VPRTPEE : Loop ID = 755 : 1R13A.pdb.bin ( 60 - 66) INFO : 42 0.141 = 1.000 - 80.50 * 0.103^2 ( 0.393) : KPKGDKP : Loop ID = 88 : 2CY3_.pdb.bin ( 18 - 24) INFO : 43 0.109 = 3.000 - 80.50 * 0.190^2 ( 0.806) : FQNGNDQ : Loop ID = 445 : 1EQPA.pdb.bin ( 31 - 37) INFO : 44 0.099 = 2.000 - 80.50 * 0.154^2 ( 0.582) : YDNGSNQ : Loop ID = 232 : 1KB3A.pdb.bin ( 408 - 414) INFO : 45 0.090 = 4.000 - 80.50 * 0.220^2 ( 0.964) : QATDAAE : Loop ID = 621 : 1CNUA.pdb.bin ( 114 - 120) INFO : 46 0.073 = 5.000 - 80.50 * 0.247^2 ( 0.764) : IPESSGK : Loop ID = 400 : 1XKSA.pdb.bin ( 147 - 153) INFO : 47 0.041 = 5.000 - 80.50 * 0.248^2 ( 0.354) : LPYESQI : Loop ID = 72 : 1EPUA.pdb.bin ( 127 - 133) INFO : 48 0.008 = 2.000 - 80.50 * 0.157^2 ( 0.458) : YDNGSNQ : Loop ID = 135 : 1KGWA.pdb.bin ( 408 - 414) INFO : 49 -0.079 = 2.000 - 80.50 * 0.161^2 ( 0.495) : YDNGSNQ : Loop ID = 160 : 2CPUA.pdb.bin ( 408 - 414) INFO : 50 -0.108 = 2.000 - 80.50 * 0.162^2 ( 0.616) : YDNGSNQ : Loop ID = 256 : 1KGXA.pdb.bin ( 408 - 414) INFO : 51 -0.129 = 2.000 - 80.50 * 0.163^2 ( 0.402) : YDNGSNQ : Loop ID = 94 : 1KGUA.pdb.bin ( 408 - 414) INFO : 52 -0.392 = 2.000 - 80.50 * 0.172^2 ( 0.892) : YDNGSNQ : Loop ID = 541 : 1Q4NX.pdb.bin ( 408 - 414) INFO : 53 -0.440 = 2.000 - 80.50 * 0.174^2 ( 1.075) : PVHNYED : Loop ID = 758 : 2GSAA.pdb.bin ( 364 - 370) INFO : 54 -0.488 = 2.000 - 80.50 * 0.176^2 ( 1.190) : YDNGSNQ : Loop ID = 871 : 1Z32X.pdb.bin ( 408 - 414) INFO : 55 -0.554 = 2.000 - 80.50 * 0.178^2 ( 1.164) : YDNGSNQ : Loop ID = 846 : 1NM9A.pdb.bin ( 408 - 414) INFO : 56 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0.558) : SIESVED : Loop ID = 215 : 1F9CA.pdb.bin ( 238 - 244) INFO : 629 -14.719 = -10.000 - 80.50 * 0.242^2 ( 0.858) : KIRKVKD : Loop ID = 505 : 1VKUA.pdb.bin ( 62 - 68) INFO : 630 -14.733 = -7.000 - 80.50 * 0.310^2 ( 0.893) : TLIAPNF : Loop ID = 545 : 1HNEE.pdb.bin ( 28 - 34) INFO : 631 -14.743 = -12.000 - 80.50 * 0.185^2 ( 0.266) : WVKRPNL : Loop ID = 38 : 1IWLA.pdb.bin ( 34 - 40) INFO : 632 -14.767 = -10.000 - 80.50 * 0.243^2 ( 1.018) : RNCFPHH : Loop ID = 684 : 117EA.pdb.bin ( 80 - 86) INFO : 633 -14.839 = -1.000 - 80.50 * 0.415^2 ( 0.968) : EWMSASK : Loop ID = 626 : 1UADC.pdb.bin ( 49 - 55) INFO : 634 -14.841 = -9.000 - 80.50 * 0.269^2 ( 0.601) : KFPGDGR : Loop ID = 242 : 2BIWA.pdb.bin ( 67 - 73) INFO : 635 -14.843 = -10.000 - 80.50 * 0.245^2 ( 1.123) : SHTGRGI : Loop ID = 805 : 1ZKCA.pdb.bin ( 88 - 94) INFO : 636 -14.856 = -9.000 - 80.50 * 0.270^2 ( 0.892) : KRDPQTN : Loop ID = 542 : 1QWLA.pdb.bin ( 149 - 155) INFO : 637 -14.878 = -8.000 - 80.50 * 0.292^2 ( 1.001) : WHTSKGD : 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1YDXA.pdb.bin ( 227 - 233) INFO : 865 -26.913 = -5.000 - 80.50 * 0.522^2 ( 1.062) : TTGPLGQ : Loop ID = 730 : 1QGDA.pdb.bin ( 110 - 116) INFO : 866 -27.003 = -14.000 - 80.50 * 0.402^2 ( 1.026) : VWSPAFF : Loop ID = 695 : 1EJUC.pdb.bin ( 418 - 424) INFO : 867 -27.018 = -17.000 - 80.50 * 0.353^2 ( 1.120) : EDPLYWG : Loop ID = 804 : 1W27A.pdb.bin ( 0 - 6) INFO : 868 -27.106 = -14.000 - 80.50 * 0.403^2 ( 1.001) : VWSPAFF : Loop ID = 665 : 1A5MC.pdb.bin ( 432 - 438) INFO : 869 -27.144 = -8.000 - 80.50 * 0.488^2 ( 1.058) : AVGTSAV : Loop ID = 723 : 1ZE3H.pdb.bin ( 84 - 90) INFO : 870 -27.292 = -8.000 - 80.50 * 0.490^2 ( 0.782) : EVWHTMD : Loop ID = 422 : 2AFWA.pdb.bin ( 288 - 294) INFO : 871 -27.327 = -14.000 - 80.50 * 0.407^2 ( 1.074) : FVNRDYS : Loop ID = 757 : 1MUJA.pdb.bin ( 139 - 145) INFO : 872 -27.407 = -12.000 - 80.50 * 0.437^2 ( 0.628) : ILNHGGT : Loop ID = 270 : 1H4GA.pdb.bin ( 27 - 33) INFO : 873 -27.493 = -13.000 - 80.50 * 0.424^2 ( 1.110) : NFGMGKR : Loop ID = 795 : 1NR6A.pdb.bin ( 106 - 112) INFO : 874 -27.624 = -12.000 - 80.50 * 0.441^2 ( 0.973) : GHGAGGA : Loop ID = 632 : 1DHKA.pdb.bin ( 302 - 308) INFO : 875 -27.636 = -14.000 - 80.50 * 0.412^2 ( 1.033) : VWSPAFF : Loop ID = 706 : 1EJSC.pdb.bin ( 431 - 437) INFO : 876 -27.735 = -14.000 - 80.50 * 0.413^2 ( 1.064) : VWSPAFF : Loop ID = 733 : 1EJRC.pdb.bin ( 418 - 424) INFO : 877 -27.788 = -14.000 - 80.50 * 0.414^2 ( 1.059) : VWSPAFF : Loop ID = 725 : 1A5KC.pdb.bin ( 432 - 438) INFO : 878 -27.892 = -8.000 - 80.50 * 0.497^2 ( 0.903) : LHAHDEL : Loop ID = 550 : 1MTPA.pdb.bin ( 208 - 214) INFO : 879 -28.039 = -14.000 - 80.50 * 0.418^2 ( 1.199) : VWSPAFF : Loop ID = 878 : 1EJTC.pdb.bin ( 431 - 437) INFO : 880 -28.094 = -14.000 - 80.50 * 0.418^2 ( 1.176) : VWSPAFF : Loop ID = 858 : 1FWHC.pdb.bin ( 431 - 437) INFO : 881 -28.550 = -8.000 - 80.50 * 0.505^2 ( 0.947) : ESNAGGS : Loop ID = 605 : 2BRCA.pdb.bin ( 148 - 154) INFO : 882 -28.668 = -8.000 - 80.50 * 0.507^2 ( 0.925) : ESNAGGS : Loop ID = 576 : 1AH6_.pdb.bin ( 147 - 153) INFO : 883 -28.816 = -14.000 - 80.50 * 0.429^2 ( 1.167) : VWSPAFF : Loop ID = 849 : 1EJVC.pdb.bin ( 418 - 424) INFO : 884 -28.857 = -14.000 - 80.50 * 0.430^2 ( 1.024) : VWSPAFF : Loop ID = 692 : 1A5LC.pdb.bin ( 402 - 408) INFO : 885 -29.687 = -11.000 - 80.50 * 0.482^2 ( 0.742) : LGAGGGI : Loop ID = 380 : 2AHUA.pdb.bin ( 30 - 36) INFO : 886 -29.843 = -1.000 - 80.50 * 0.599^2 ( 1.162) : ALRHGDN : Loop ID = 843 : 1N57A.pdb.bin ( 185 - 191) INFO : 887 -30.440 = -12.000 - 80.50 * 0.479^2 ( 0.951) : VKDRNVA : Loop ID = 607 : 1H5UA.pdb.bin ( 27 - 33) INFO : 888 -30.562 = -8.000 - 80.50 * 0.529^2 ( 1.103) : AADGTSW : Loop ID = 789 : 1GCA_.pdb.bin ( 277 - 283) INFO : 889 -31.257 = -7.000 - 80.50 * 0.549^2 ( 1.126) : DTHGDYE : Loop ID = 809 : 1N00A.pdb.bin ( 299 - 305) INFO : 890 -33.072 = -9.000 - 80.50 * 0.547^2 ( 0.958) : HCSNDPL : Loop ID = 613 : 1YCQA.pdb.bin ( 51 - 57) INFO : 891 -33.375 = -11.000 - 80.50 * 0.527^2 ( 0.889) : AYKGINF : Loop ID = 537 : 1JIHA.pdb.bin ( 461 - 467) INFO : 892 -33.416 = -7.000 - 80.50 * 0.573^2 ( 1.037) : ILQDFTG : Loop ID = 710 : 2B3YA.pdb.bin ( 82 - 88) INFO : 893 -33.608 = -10.000 - 80.50 * 0.542^2 ( 1.035) : LVAGKKV : Loop ID = 709 : 1TP9A.pdb.bin ( 31 - 37) INFO : 894 -38.738 = -13.000 - 80.50 * 0.565^2 ( 1.160) : TDNPWFT : Loop ID = 842 : 1IY9A.pdb.bin ( 188 - 194) INFO : 895 -41.520 = -13.000 - 80.50 * 0.595^2 ( 1.083) : YCSNDLL : Loop ID = 769 : 1T4FM.pdb.bin ( 53 - 59) WARN : Steric clash between A 64 -> L 59 = 3.138 in loop 284 - 2SFA_.pdb.bin WARN : Steric clash between A 64 -> L 59 = 3.145 in loop 736 - 1X31C.pdb.bin WARN : Steric clash between A 64 -> L 59 = 3.120 in loop 324 - 2A1UA.pdb.bin WARN : Steric clash between A 64 -> L 59 = 3.145 in loop 355 - 2A1IA.pdb.bin WARN : Steric clash between A 64 -> L 59 = 3.161 in loop 35 - 1VPBA.pdb.bin WARN : Steric clash between A 64 -> L 59 = 3.148 in loop 887 - 1NRGA.pdb.bin WARN : Steric clash between A 64 -> L 59 = 2.941 in loop 774 - 1EFVA.pdb.bin WARN : Steric clash between A 64 -> L 59 = 3.014 in loop 138 - 1KA2A.pdb.bin WARN : Steric clash between A 64 -> L 59 = 2.946 in loop 453 - 1A41_.pdb.bin WARN : Steric clash between A 64 -> D 60 = 2.652 in loop 442 - 1C44A.pdb.bin WARN : Steric clash between A 64 -> L 59 = 3.083 in loop 380 - 2AHUA.pdb.bin INFO : Identifed 884 loops for gap 57 - 63 : 'PPLDSDQ' WARN : Model missing 50 N-terminal residues WARN : Model missing 11 C-terminal residues ________________________________________________________________________________ INFO : Cyclic-Coordinate Descent (CCD) and selection for gap 57 - 63 INFO : CCD : Closed loop 668 in 800 N->C cycles (RMSD = 0.0799991 : N-C = 1.29608) INFO : CCD : Closed loop 266 in 17 N->C cycles (RMSD = 0.0795732 : N-C = 1.30679) INFO : CCD : Closed loop 26 in 81 N->C cycles (RMSD = 0.079994 : N-C = 1.30495) INFO : CCD : Closed loop 221 in 147 N->C cycles (RMSD = 0.0799496 : N-C = 1.31957) INFO : CCD : Closed loop 46 in 12 N->C cycles (RMSD = 0.079852 : N-C = 1.31661) INFO : CCD : Closed loop 103 in 136 N->C cycles (RMSD = 0.0799575 : N-C = 1.32741) INFO : CCD : Closed loop 44 in 206 N->C cycles (RMSD = 0.0799869 : N-C = 1.30861) INFO : CCD : Closed loop 151 in 9 N->C cycles (RMSD = 0.0637596 : N-C = 1.33368) INFO : CCD : Closed loop 87 in 8 N->C cycles (RMSD = 0.0718276 : N-C = 1.31764) INFO : CCD : Closed loop 30 in 137 N->C cycles (RMSD = 0.0799597 : N-C = 1.31211) INFO : CCD : Closed loop 17 in 117 N->C cycles (RMSD = 0.079994 : N-C = 1.31646) INFO : CCD : Closed loop 268 in 612 N->C cycles (RMSD = 0.0799954 : N-C = 1.28521) INFO : CCD : Closed loop 162 in 191 N->C cycles (RMSD = 0.0799398 : N-C = 1.30596) INFO : CCD : Closed loop 895 in 1162 N->C cycles (RMSD = 0.0799995 : N-C = 1.29102) INFO : CCD : Closed loop 74 in 186 N->C cycles (RMSD = 0.0799909 : N-C = 1.29322) ________________________________________________________________________________ WARN : Number of combinations exceeds maximum number (20 = 20 > 10) INFO : Randomly assembling loop combinations INFO : Combining loops by simulated annealing. T = 2.00 -> 0 in 100 steps (T update = 0.02) INFO : Combination 1 / 10 INFO : 1 : Energy = 13.096 (T = 2.00) : I = 0 : R = 0 : RoG = 37.282 : PP = 15.008 : SP = 4.242 : SE = 0.000 : HO = -42.218 : TE = -1.217347 INFO : 1 : Energy = 14.472 (T = 1.98) : I = 1 : R = 1 : RoG = 41.503 : PP = 16.642 : SP = 3.974 : SE = 0.000 : HO = -46.408 : TE = -1.238848 INFO : 1 : Energy = 15.335 (T = 1.96) : I = 2 : R = 2 : RoG = 41.681 : PP = 17.290 : SP = 4.036 : SE = 0.000 : HO = -46.418 : TE = -1.253521 INFO : 1 : Energy = 14.649 (T = 1.94) : I = 3 : R = 3 : RoG = 41.467 : PP = 17.314 : SP = 3.923 : SE = 0.000 : HO = -46.808 : TE = -1.246186 INFO : 1 : Energy = 14.733 (T = 1.92) : I = 4 : R = 4 : RoG = 41.579 : PP = 16.934 : SP = 3.908 : SE = 0.000 : HO = -46.439 : TE = -1.249281 INFO : 1 : Energy = 15.335 (T = 1.90) : I = 5 : R = 5 : RoG = 41.681 : PP = 17.290 : SP = 4.036 : SE = 0.000 : HO = -46.418 : TE = -1.253521 INFO : 1 : Energy = 13.493 (T = 1.88) : I = 6 : R = 6 : RoG = 41.588 : PP = 16.762 : SP = 3.908 : SE = 0.000 : HO = -47.511 : TE = -1.255307 INFO : 1 : Energy = 13.657 (T = 1.86) : I = 7 : R = 7 : RoG = 41.292 : PP = 16.480 : SP = 3.654 : SE = 0.000 : HO = -46.522 : TE = -1.247070 INFO : 1 : Energy = 14.472 (T = 1.84) : I = 8 : R = 8 : RoG = 41.503 : PP = 16.642 : SP = 3.974 : SE = 0.000 : HO = -46.408 : TE = -1.238848 INFO : 1 : Energy = 14.472 (T = 1.82) : I = 9 : R = 8 : RoG = 41.503 : PP = 16.642 : SP = 3.974 : SE = 0.000 : HO = -46.408 : TE = -1.238848 INFO : 1 : Energy = 14.472 (T = 1.80) : I = 10 : R = 8 : RoG = 41.503 : PP = 16.642 : SP = 3.974 : SE = 0.000 : HO = -46.408 : TE = -1.238848 INFO : 1 : Energy = 14.486 (T = 1.78) : I = 11 : R = 9 : RoG = 41.589 : PP = 16.450 : SP = 3.745 : SE = 0.000 : HO = -45.997 : TE = -1.300422 INFO : 1 : Energy = 13.767 (T = 1.76) : I = 12 : R = 10 : RoG = 41.736 : PP = 16.222 : SP = 3.741 : SE = 0.000 : HO = -46.676 : TE = -1.255637 INFO : 1 : Energy = 15.656 (T = 1.74) : I = 13 : R = 11 : RoG = 41.565 : PP = 16.345 : SP = 4.036 : SE = 0.000 : HO = -45.035 : TE = -1.255324 INFO : 1 : Energy = 13.816 (T = 1.72) : I = 14 : R = 12 : RoG = 41.740 : PP = 16.611 : SP = 3.679 : SE = 0.000 : HO = -46.978 : TE = -1.235391 INFO : 1 : Energy = 13.816 (T = 1.70) : I = 15 : R = 12 : RoG = 41.740 : PP = 16.611 : SP = 3.679 : SE = 0.000 : HO = -46.978 : TE = -1.235391 INFO : 1 : Energy = 13.816 (T = 1.68) : I = 16 : R = 12 : RoG = 41.740 : PP = 16.611 : SP = 3.679 : SE = 0.000 : HO = -46.978 : TE = -1.235391 INFO : 1 : Energy = 13.816 (T = 1.66) : I = 17 : R = 12 : RoG = 41.740 : PP = 16.611 : SP = 3.679 : SE = 0.000 : HO = -46.978 : TE = -1.235391 INFO : 1 : Energy = 13.816 (T = 1.64) : I = 18 : R = 12 : RoG = 41.740 : PP = 16.611 : SP = 3.679 : SE = 0.000 : HO = -46.978 : TE = -1.235391 INFO : 1 : Energy = 13.816 (T = 1.62) : I = 19 : R = 12 : RoG = 41.740 : PP = 16.611 : SP = 3.679 : SE = 0.000 : HO = -46.978 : TE = -1.235391 INFO : 1 : Energy = 13.816 (T = 1.60) : I = 20 : R = 12 : RoG = 41.740 : PP = 16.611 : SP = 3.679 : SE = 0.000 : HO = -46.978 : TE = -1.235391 INFO : 1 : Energy = 14.159 (T = 1.58) : I = 21 : R = 13 : RoG = 41.484 : PP = 17.261 : SP = 3.923 : SE = 0.000 : HO = -47.248 : TE = -1.260069 INFO : 1 : Energy = 14.159 (T = 1.56) : I = 22 : R = 13 : RoG = 41.484 : PP = 17.261 : SP = 3.923 : SE = 0.000 : HO = -47.248 : TE = -1.260069 INFO : 1 : Energy = 14.649 (T = 1.54) : I = 23 : R = 14 : RoG = 41.467 : PP = 17.314 : SP = 3.923 : SE = 0.000 : HO = -46.808 : TE = -1.246186 INFO : 1 : Energy = 13.767 (T = 1.52) : I = 24 : R = 15 : RoG = 41.736 : PP = 16.222 : SP = 3.741 : SE = 0.000 : HO = -46.676 : TE = -1.255637 INFO : 1 : Energy = 13.767 (T = 1.50) : I = 25 : R = 15 : RoG = 41.736 : PP = 16.222 : SP = 3.741 : SE = 0.000 : HO = -46.676 : TE = -1.255637 INFO : 1 : Energy = 13.767 (T = 1.48) : I = 26 : R = 15 : RoG = 41.736 : PP = 16.222 : SP = 3.741 : SE = 0.000 : HO = -46.676 : TE = -1.255637 INFO : 1 : Energy = 14.159 (T = 1.46) : I = 27 : R = 16 : RoG = 41.484 : PP = 17.261 : SP = 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: RoG = 41.670 : PP = 16.390 : SP = 3.722 : SE = 0.000 : HO = -47.218 : TE = -1.236431 INFO : Assembled 10 loop combinations ________________________________________________________________________________ INFO : Ranking final models by energy INFO : Outputting models to dir 'loop/model.1' INFO : model.1.pdb : Energy = 13.327 (T = 0) : I = 100 : R = 55 : RoG = 41.670 : PP = 16.390 : SP = 3.722 : SE = 0.000 : HO = -47.218 : TE = -1.236431 INFO : model.2.pdb : Energy = 13.327 (T = 0) : I = 100 : R = 54 : RoG = 41.670 : PP = 16.390 : SP = 3.722 : SE = 0.000 : HO = -47.218 : TE = -1.236431 INFO : model.3.pdb : Energy = 13.327 (T = 0) : I = 100 : R = 45 : RoG = 41.670 : PP = 16.390 : SP = 3.722 : SE = 0.000 : HO = -47.218 : TE = -1.236431 INFO : model.4.pdb : Energy = 13.327 (T = 0) : I = 100 : R = 54 : RoG = 41.670 : PP = 16.390 : SP = 3.722 : SE = 0.000 : HO = -47.218 : TE = -1.236431 INFO : model.5.pdb : Energy = 13.327 (T = 0) : I = 100 : R = 46 : RoG = 41.670 : PP = 16.390 : SP = 3.722 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