INFO : Successfully started log file 'model.loop_uber.log' ________________________________________________________________________________ Nova Protein structure prediction by fragment assembly (Ver. 0.6.6) ________________________________________________________________________________ INFO : Printing configuration for program 'nova' INFO : Configuration file '/bmm/www/servers/phyre2/bin/loop_uber.config' ________________________________________________________________________________ [Query Input] FASTA_FILE = /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/5713d4710b81a494/input.fasta PSSM_FILE = /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/5713d4710b81a494/assembler.pssm MODEL_START_LIST = model_start.list BUILD_INITIAL_REFERENCE = 0 BUILD_UP_MAX_MODELS = 1 ________________________________________________________________________________ [Energy Functions] PP_STUB = /bmm/www/servers/phyre2/bin/assembler_data/default.pp SP_STUB = /bmm/www/servers/phyre2/bin/assembler_data/default.sp BBDEP_LIBRARY_THRESHOLD = 0.9 RADIUS_OF_GYRATION_THRESHOLD = 2 RADIUS_OF_GYRATION_ABSOLUTE = 0 CBCB_CONTACT_DIST = 7.5 CONTACT_GAP = 5 MAXSUB_DIST = 6 MAXSUB_ITER = 1 RMSD_DIST = 6 HBOND_SEPARATION = 5 RESIDUE_PROB_CUT_OFF = 0.2 PP_RESIDUE_PROB_CUT_OFF = 0.4 MAX_CALIBRATE_ENERGY = 500 CUTOFF_PHI_PSI = 0.001 TORSION_BILINEAR = 1 LJ_SWITCH_RATIO = 0.7 ENERGY_SET_MODE = 0 NUMBER_OF_ENERGY_SETS = 1 ________________________________________________________________________________ [Energy Set 1] T_LIMIT = 0 WEIGHT_PAIR_POTENTIAL = 0.215 WEIGHT_SOLVATION_POTENTIAL = 1 WEIGHT_STERIC_ENERGY = 5.03 WEIGHT_RADIUS_OF_GYRATION = 2.83 WEIGHT_TORSION_ENERGY = 1.14 WEIGHT_HBONDS_ORIENT = 5.27 STERIC_CLASH = 1 PAIR_SEPARATION_MIN = 3 SS_METHOD = 0 ENERGY_SCALE_FACTOR = 0 ________________________________________________________________________________ PROB_REFINE_HELIX = 1 PROB_REFINE_SHEET = 1 PROB_REFINE_COIL = 1 ________________________________________________________________________________ PROB_SHEAR_STRAND_C = 0 PROB_PHI_PSI_TWIST_C = 0 PROB_PHI_PSI_TILT_C = 0 PROB_TEMPLATE_SPLICE_C = 0 PROB_FRAG_9_C = 0 PROB_FRAG_3_C = 1 PROB_GUNN_COST_9_C = 0 PROB_GUNN_COST_3_C = 0 PROB_STABILISE_TWIST_C = 0 PROB_STABILISE_TILT_C = 0 PROB_STABILISE_TEMPLATE_C = 0 PROB_STABILISE_FRAG_9_C = 0 PROB_STABILISE_FRAG_3_C = 0 PROB_STABILISE_GUNN_9_C = 0 PROB_STABILISE_GUNN_3_C = 0 ________________________________________________________________________________ FULL_ATOM_MODEL = 0 ________________________________________________________________________________ [Model Building] MAX_MODELS = 1000 MAX_BUILD_ITERATIONS = 100 MAX_JOIN_ITERATIONS = 5 MAX_JOIN_REFINE_ITERATIONS = 5 MAX_REFINE_ITERATIONS = 5 MAX_SPLICE_ITERATIONS = 5 SHEAR_STRAND_DISTANCE = 3.8 PHI_PSI_TWIST_LENGTH = 3 PHI_PSI_TWIST_RANGE = 5 PHI_PSI_TILT_LENGTH = 5 PHI_PSI_TILT_RANGE = 15 STABILISE_SIZE = 5 STABILISE_RESTRICT = 1 STABILISE_ITERATIONS = 3 STABILISE_BREAK_THRESHOLD = 1 STABILISE_HELIX = 0 STABILISE_STRAND = 1 STABILISE_MAX_ANGLE_UPDATE = 15 STABILISE_UPDATE_FRACTION = 1 SHEAR_LOOP_SIZE = 8 SHEAR_LOOP_COIL_SIZE = 5 SHEAR_MAX_CCD_ITERATIONS = 300 SHEAR_CCD_THRESHOLD = 0.3 SHEAR_CCD_NC_THRESHOLD = 0.1 SHEAR_CCD_RESTRICT = 0 SHEAR_MAX_ANGLE_UPDATE = 15 SHEAR_MAX_UPDATE_FRACTION = 1 REPACK_FREQUENCY = 25 REPACK_RANDOM = 2 REPACK_THRESHOLD = 0.7 GUNN_COST_UPPER = 0.03 GUNN_COST_LOWER = 11.4701 MAX_MSD_DEVIATION = 16 RESEED_RESTRICTION_INTERVAL = 0 RANDOM_LIST_L = 0 RANDOM_LIST_9 = 0 RANDOM_LIST_3 = 0 RANDOM_LIST_TEMPLATE = 0 RANDOM_BUILD = 0 ________________________________________________________________________________ [Simulated Annealing] T_START_TEMP = 10 T_END_TEMP = 0 CALIBRATION_SEED = 0 T_CALIBRATION_FACTOR = 10 ENERGY_CALIBRATION_FACTOR = 4 MAX_CALIBRATE_START = 500 T_CALIBRATION_FACTOR = 10 T_REDUCE_FACTOR_EXP = 0.5 T_REDUCE_FACTOR_STEPS = 50 RATIO_EXP_TO_LINEAR_SWITCH = 1 MIN_TEMP_THRESHOLD = 0 MAX_TEMP_ITER = 1000 MAX_TEMP_REFINE = 100 MAX_STOP_ITER = 30000 MAX_STOP_REFINE = 2000 DELTA_ROLL_SIZE = 0 DELTA_STOP_THRESHOLD = 0 MAX_QUENCH = 5000 NO_TEMPLATE_RATIO = 0.2 ________________________________________________________________________________ [Loop Modelling] MODEL_LOOPS = 1 LOOP_DATABASE = /bmm/www/servers/phyre2/bin/loopdb MIN_LOOP_SIZE = 2 MAX_LOOP_SIZE = 15 POSITIONAL_GAPS = 1 TRIM_BACK = 1 TRIM_BACK_STERIC_CHECKS = 1 MAX_TRIM_RES = 5 MAX_TRIM_EDGE = 3 TRIM_BACK_GOODNESS = 1 SIZE_TRIM_BACK_AV = 0 MAX_SELECT_LOOPS = 500 TOLERANCE = 0.75 RMSD_WEIGHT = 80.5 RMSD_BENCHMARK = 0 FIT_ON_TRIANGLE = 0 CHECK_STERIC_CLASH = 1 CHECK_STERIC_ENERGY = 0 STERIC_ENERGY_THRESHOLD = 0.5 ABINITIO_LOOPS = 0 ABINITIO_ENDS = 0 ABINITIO_TRIM_COUNT = 0 MAX_LOOP_MODELS = 1000 CCD_LOOP_CLOSURE_TOLERANCE = 6 CCD_FAILURE_TOLERANCE = 0 LOOP_SELECTION_TOLERANCE = 9 MAX_CCD_LOOPS = 20 CCD_DIRECTION = 1 CCD_CLOSURE_RMSD = 0.08 CCD_CLOSURE_NC_DEVIATION = 0.1 CCD_MAX_ITER = 5000 CCD_RESTRICT = 1 CCD_MAX_ANGLE_UPDATE = 15 CCD_MAX_UPDATE_FRACTION = 1 MAX_COMBINE_LOOPS = 10 START_T = 2 STEPS_PER_LOOP = 100 REPLACE_TRIMMED = 1 KNOT_FIND = 1 ________________________________________________________________________________ [Logging] LOG_LEVEL = 1 LOG_TIME = 0 LOG_FILE = 0 LOG_FILE_NAME = model.loop_uber.log FOLDING_PATH = 0 OUTPUT_DIR = loop USE_COMPRESSION = 0 FIT_ON_PREVIOUS = 0 USAGE_FILE = nova.model_usage MODEL_START_NO = 1 MODEL_END_NO = 0 OUTPUT_FREQUENCY = 100 UNWEIGHTED_OUTPUT = 0 SPLICE_INFO = 1 SPLICE_FILE = nova.splice_info FRAGVAR_INFO = 0 BAD_FRAG_DIR = nova_bad REFINE_RRG_LIMIT = 0 STOP_FILE = assembler.stop OUTPUT_LOOPS = 0 ________________________________________________________________________________ [Benchmark] BACKBONE_RMSD = 0 OUTPUT_RMSD = 0 OUTPUT_MAXSUB = 0 REFINE_STATS_FREQUENCY = 0 REFINE_STATS_MAX = 20 REFINE_TIME_FREQUENCY = 0 REFINE_TIME_MAX = 5000 MAXSUB_DIST = 6 MAXSUB_ITER = 0 ________________________________________________________________________________ INFO : Reading FASTA sequence file INFO : Reading query PSSM file INFO : Reading Pair-potential file INFO : Reading Solvation-potential file INFO : Reading PDB list file 'model_start.list' INFO : Successfully read 0 PDBs INFO : Successfully read 1 / 1 PDBs from list file 'model_start.list' INFO : Initialising build models routine INFO : Energy Set 1 - C cumul prob_shear_strand = 0.000000 INFO : Energy Set 1 - C cumul prob_phi_psi_twist = 0.000000 INFO : Energy Set 1 - C cumul prob_phi_psi_tilt = 0.000000 INFO : Energy Set 1 - C cumul prob_template_splice = 0.000000 INFO : Energy Set 1 - C cumul prob_frag_9 = 0.000000 INFO : Energy Set 1 - C cumul prob_frag_3 = 1.000000 INFO : Energy Set 1 - C cumul prob_gunn_cost_9 = 1.000000 INFO : Energy Set 1 - C cumul prob_gunn_cost_3 = 1.000000 ________________________________________________________________________________ INFO : Entering build loops routine ________________________________________________________________________________ INFO : Processing starting model 1 - d2qxfa1.1.pdb ________________________________________________________________________________ INFO : Performing trim back INFO : Chain break between residues 37 - 38 INFO : Trim Back 37 - 38 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 37 - 38 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 37 - 39 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 37 - 39 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 37 - 40 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 37 - 40 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 37 - 41 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 37 - 41 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 36 - 38 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 36 - 38 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 36 - 39 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 36 - 39 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 36 - 40 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 36 - 40 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 36 - 41 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 36 - 41 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 35 - 38 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 35 - 38 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 35 - 39 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 35 - 39 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 35 - 40 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 35 - 40 : Extraction identifed 1 loops INFO : Trim Back 35 - 41 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 35 - 41 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 34 - 38 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 34 - 38 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 34 - 39 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 34 - 39 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 34 - 40 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 34 - 40 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim back to residues 35 - 40 INFO : Chain break between residues 141 - 142 INFO : Trim Back 141 - 142 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 141 - 142 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 141 - 143 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 141 - 143 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 141 - 144 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 141 - 144 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 141 - 145 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 141 - 145 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 140 - 142 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 140 - 142 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 140 - 143 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 140 - 143 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 140 - 144 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 140 - 144 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 140 - 145 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 140 - 145 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 139 - 142 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 139 - 142 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 139 - 143 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 139 - 143 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 139 - 144 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 139 - 144 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 139 - 145 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 139 - 145 : Extraction identifed 787 loops INFO : Trim Back 138 - 142 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 138 - 142 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 138 - 143 : Calculating loop extraction success ERROR : Trim Back failed to transform database loops to fit model INFO : Trim Back 138 - 143 : Extraction identifed 0 loops INFO : Trim Back 138 - 144 : Calculating loop extraction success INFO : Trim Back 138 - 144 : Extraction identifed 5 loops INFO : Trim back to residues 139 - 145 ________________________________________________________________________________ INFO : Modelling loops ________________________________________________________________________________ INFO : Gap size 5 between position 35 and 40 : Seq = 'SLYFVP' INFO : Stem parameters: x = 17.03; y = 9.44; beta = 2.76; gamma = 3.14 INFO : Searching loop database file '/bmm/www/servers/phyre2/bin/loopdb/16/9/size.5.b' INFO : Searching loop database file '/bmm/www/servers/phyre2/bin/loopdb/18/10/size.5.b' INFO : Identified 1 potential loops INFO : Ranking by goodness INFO : Extracting 1 / 1 from database INFO : Ranking by loop score INFO : Rank Score = Seq - 80.50 * rms^2 (goodness) : Target seq = SLYFVP INFO : 1 -22.474 = -7.000 - 80.50 * 0.438^2 (59.711) : PGPGPA : Loop ID = 1 : 1CGDA.pdb.bin ( 4 - 9) INFO : Identifed 1 loops for gap 35 - 40 : 'SLYFVP' ________________________________________________________________________________ INFO : Gap size 6 between position 139 and 145 : Seq = 'NIDPTEL' INFO : Stem parameters: x = -6.56; y = 11.40; beta = 2.15; gamma = -1.67 INFO : Searching loop database file '/bmm/www/servers/phyre2/bin/loopdb/-7/11/size.6.b' INFO : Searching loop database file '/bmm/www/servers/phyre2/bin/loopdb/-7/12/size.6.b' INFO : Searching loop database file '/bmm/www/servers/phyre2/bin/loopdb/-6/11/size.6.b' INFO : Searching loop database file '/bmm/www/servers/phyre2/bin/loopdb/-6/12/size.6.b' INFO : Identified 2028 potential loops INFO : Ranking by goodness INFO : Extracting 1 / 895 from database INFO : Extracting 21 / 895 from database INFO : Extracting 41 / 895 from database INFO : Extracting 61 / 895 from database INFO : Extracting 81 / 895 from database INFO : Extracting 101 / 895 from database INFO : Extracting 121 / 895 from database INFO : Extracting 141 / 895 from database INFO : Extracting 161 / 895 from database INFO : Extracting 181 / 895 from database INFO : Extracting 201 / 895 from database INFO : Extracting 221 / 895 from database INFO : Extracting 241 / 895 from database INFO : Extracting 261 / 895 from database INFO : Extracting 281 / 895 from database INFO : Extracting 301 / 895 from database INFO : Extracting 321 / 895 from database INFO : Extracting 341 / 895 from database INFO : Extracting 361 / 895 from database INFO : Extracting 381 / 895 from database INFO : Extracting 401 / 895 from database INFO : Extracting 421 / 895 from database INFO : Extracting 441 / 895 from database INFO : Extracting 461 / 895 from database INFO : Extracting 481 / 895 from database INFO : Extracting 501 / 895 from database INFO : Extracting 521 / 895 from database INFO : Extracting 541 / 895 from database INFO : Extracting 561 / 895 from database INFO : Extracting 581 / 895 from database INFO : Extracting 601 / 895 from database INFO : Extracting 621 / 895 from database INFO : Extracting 641 / 895 from database INFO : Extracting 661 / 895 from database INFO : Extracting 681 / 895 from database INFO : Extracting 701 / 895 from database INFO : Extracting 721 / 895 from database INFO : Extracting 741 / 895 from database INFO : Extracting 761 / 895 from database INFO : Extracting 781 / 895 from database INFO : Extracting 801 / 895 from database INFO : Extracting 821 / 895 from database INFO : Extracting 841 / 895 from database INFO : Extracting 861 / 895 from database INFO : Extracting 881 / 895 from database INFO : Ranking by loop score INFO : Rank Score = Seq - 80.50 * rms^2 (goodness) : Target seq = NIDPTEL INFO : 1 3.737 = 6.000 - 80.50 * 0.168^2 ( 0.536) : DFGAKRN : Loop ID = 82 : 1M6VB.pdb.bin ( 196 - 202) INFO : 2 3.379 = 6.000 - 80.50 * 0.180^2 ( 0.577) : DFGAKRN : Loop ID = 93 : 1T36B.pdb.bin ( 196 - 202) INFO : 3 2.929 = 6.000 - 80.50 * 0.195^2 ( 0.545) : DFGAKRN : Loop ID = 83 : 1C30B.pdb.bin ( 196 - 202) INFO : 4 2.875 = 6.000 - 80.50 * 0.197^2 ( 0.439) : DFGAKRN : Loop ID = 61 : 1A9XB.pdb.bin ( 196 - 202) INFO : 5 1.277 = 7.000 - 80.50 * 0.267^2 ( 1.680) : LEEPLRK : Loop ID = 387 : 1IEAA.pdb.bin ( 169 - 175) INFO : 6 1.230 = 4.000 - 80.50 * 0.186^2 ( 0.526) : SWSPSVS : Loop ID = 81 : 1JZ8A.pdb.bin ( 985 - 991) INFO : 7 1.101 = 4.000 - 80.50 * 0.190^2 ( 0.704) : SWSPSVS : Loop ID = 113 : 1JZ2A.pdb.bin ( 985 - 991) INFO : 8 0.730 = 4.000 - 80.50 * 0.202^2 ( 0.595) : SWSPSVS : Loop ID = 100 : 1JZ7A.pdb.bin ( 984 - 990) INFO : 9 0.432 = 3.000 - 80.50 * 0.179^2 ( 0.396) : TGGNLKY : Loop ID = 54 : 1QUF_.pdb.bin ( 40 - 46) INFO : 10 0.389 = 4.000 - 80.50 * 0.212^2 ( 0.415) : VQEETKS : Loop ID = 59 : 1IZ5A.pdb.bin ( 184 - 190) INFO : 11 0.379 = 3.000 - 80.50 * 0.180^2 ( 0.220) : TGGNLKY : Loop ID = 18 : 1BQEA.pdb.bin ( 39 - 45) INFO : 12 0.310 = 2.000 - 80.50 * 0.145^2 ( 0.777) : APEYKPW : Loop ID = 129 : 1UGHI.pdb.bin ( 59 - 65) INFO : 13 0.302 = 1.000 - 80.50 * 0.093^2 ( 0.186) : MTSGRSG : Loop ID = 16 : 1U6DX.pdb.bin ( 275 - 281) INFO : 14 0.206 = 3.000 - 80.50 * 0.186^2 ( 0.956) : TGGNLKY : Loop ID = 179 : 1H85A.pdb.bin ( 39 - 45) INFO : 15 0.178 = 3.000 - 80.50 * 0.187^2 ( 0.372) : TGGNLKY : Loop ID = 50 : 1GR1A.pdb.bin ( 39 - 45) INFO : 16 0.106 = 5.000 - 80.50 * 0.247^2 ( 0.846) : VLAGGRR : Loop ID = 152 : 1UXVA.pdb.bin ( 359 - 365) INFO : 17 0.097 = 5.000 - 80.50 * 0.247^2 ( 1.055) : VLAGGRR : Loop ID = 200 : 1UXTA.pdb.bin ( 359 - 365) INFO : 18 0.067 = 3.000 - 80.50 * 0.191^2 ( 0.326) : TGGNLKY : Loop ID = 38 : 1OGJA.pdb.bin ( 39 - 45) INFO : 19 0.055 = 3.000 - 80.50 * 0.191^2 ( 0.258) : TGGNLKY : Loop ID = 28 : 1QUE_.pdb.bin ( 47 - 53) INFO : 20 0.001 = 3.000 - 80.50 * 0.193^2 ( 0.263) : TGGNLKY : Loop ID = 30 : 1B2RA.pdb.bin ( 39 - 45) INFO : 21 -0.051 = 3.000 - 80.50 * 0.195^2 ( 0.282) : TGGNLKY : Loop ID = 34 : 1E64A.pdb.bin ( 39 - 45) INFO : 22 -0.074 = 3.000 - 80.50 * 0.195^2 ( 0.256) : TGGNLKY : Loop ID = 25 : 1BJK_.pdb.bin ( 39 - 45) INFO : 23 -0.082 = 3.000 - 80.50 * 0.196^2 ( 0.226) : TGGNLKY : Loop ID = 20 : 1E63A.pdb.bin ( 39 - 45) INFO : 24 -0.114 = 6.000 - 80.50 * 0.276^2 ( 0.642) : DFGAKRN : Loop ID = 104 : 1CS0B.pdb.bin ( 196 - 202) INFO : 25 -0.211 = 3.000 - 80.50 * 0.200^2 ( 0.256) : TGGNLKY : Loop ID = 26 : 1GO2A.pdb.bin ( 39 - 45) INFO : 26 -0.242 = 3.000 - 80.50 * 0.201^2 ( 0.587) : TGGNLKY : Loop ID = 99 : 1W34A.pdb.bin ( 39 - 45) INFO : 27 -0.266 = 3.000 - 80.50 * 0.201^2 ( 0.256) : TGGNLKY : Loop ID = 27 : 1QH0A.pdb.bin ( 39 - 45) INFO : 28 -0.322 = 3.000 - 80.50 * 0.203^2 ( 0.240) : TGGNLKY : Loop ID = 21 : 1QGZA.pdb.bin ( 39 - 45) INFO : 29 -0.352 = 3.000 - 80.50 * 0.204^2 ( 0.246) : TGGNLKY : Loop ID = 23 : 1QGYA.pdb.bin ( 39 - 45) INFO : 30 -0.358 = 7.000 - 80.50 * 0.302^2 ( 1.572) : LEEPLRK : Loop ID = 361 : 1I3RA.pdb.bin ( 169 - 175) INFO : 31 -0.508 = 4.000 - 80.50 * 0.237^2 ( 0.361) : VQEETKS : Loop ID = 47 : 1IZ4A.pdb.bin ( 184 - 190) INFO : 32 -0.541 = 3.000 - 80.50 * 0.210^2 ( 0.223) : TGGNLKY : Loop ID = 19 : 1E62A.pdb.bin ( 39 - 45) INFO : 33 -0.769 = 3.000 - 80.50 * 0.216^2 ( 0.816) : TGGNLKY : Loop ID = 139 : 2BSAA.pdb.bin ( 39 - 45) INFO : 34 -0.803 = 3.000 - 80.50 * 0.217^2 ( 0.297) : TGGNLKY : Loop ID = 35 : 1H42A.pdb.bin ( 39 - 45) INFO : 35 -0.805 = 2.000 - 80.50 * 0.187^2 ( 0.348) : TQNGTVK : Loop ID = 44 : 2AWAA.pdb.bin ( 282 - 288) INFO : 36 -0.959 = 3.000 - 80.50 * 0.222^2 ( 0.392) : TGGNLKY : Loop ID = 52 : 1OGIA.pdb.bin ( 39 - 45) INFO : 37 -1.343 = 1.000 - 80.50 * 0.171^2 ( 0.469) : GRGILID : Loop ID = 65 : 1XHCA.pdb.bin ( 238 - 244) INFO : 38 -1.346 = 4.000 - 80.50 * 0.258^2 ( 0.808) : SWSPSVS : Loop ID = 137 : 1PX4A.pdb.bin ( 985 - 991) INFO : 39 -1.381 = 2.000 - 80.50 * 0.205^2 ( 0.940) : GRNPTFG : Loop ID = 177 : 1YQVL.pdb.bin ( 91 - 97) INFO : 40 -1.397 = 5.000 - 80.50 * 0.282^2 ( 1.543) : IYGDVSR : Loop ID = 352 : 1U1JA.pdb.bin ( 504 - 510) INFO : 41 -1.404 = 4.000 - 80.50 * 0.259^2 ( 0.915) : AEYGIKE : Loop ID = 173 : 1UA4A.pdb.bin ( 403 - 409) INFO : 42 -1.513 = 6.000 - 80.50 * 0.306^2 ( 1.743) : GQHQIKW : Loop ID = 403 : 1F21A.pdb.bin ( 109 - 115) INFO : 43 -1.655 = 3.000 - 80.50 * 0.240^2 ( 1.169) : GSNPSAS : Loop ID = 236 : 1W0PA.pdb.bin ( 138 - 144) INFO : 44 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-15.348 = 0.000 - 80.50 * 0.437^2 ( 4.102) : LDFELEY : Loop ID = 855 : 1Q8IA.pdb.bin ( 189 - 195) INFO : 544 -15.383 = 1.000 - 80.50 * 0.451^2 ( 3.623) : MAKPMKV : Loop ID = 773 : 1P5DX.pdb.bin ( 159 - 165) INFO : 545 -15.406 = -5.000 - 80.50 * 0.360^2 ( 2.949) : TIGASFM : Loop ID = 652 : 1YVDA.pdb.bin ( 35 - 41) INFO : 546 -15.406 = -1.000 - 80.50 * 0.423^2 ( 0.737) : KAYSTRV : Loop ID = 118 : 1CG3A.pdb.bin ( 266 - 272) INFO : 547 -15.407 = -5.000 - 80.50 * 0.360^2 ( 2.974) : TIGVEFG : Loop ID = 661 : 1YU9A.pdb.bin ( 42 - 48) INFO : 548 -15.442 = -7.000 - 80.50 * 0.324^2 ( 1.807) : NQQRYVL : Loop ID = 423 : 1Z3SA.pdb.bin ( 85 - 91) INFO : 549 -15.445 = -7.000 - 80.50 * 0.324^2 ( 1.095) : DEKTTLF : Loop ID = 210 : 1E5DA.pdb.bin ( 40 - 46) INFO : 550 -15.477 = -7.000 - 80.50 * 0.325^2 ( 1.720) : NQQRYVL : Loop ID = 395 : 1Z3UA.pdb.bin ( 85 - 91) INFO : 551 -15.491 = -4.000 - 80.50 * 0.378^2 ( 2.193) : ATDSGNI : Loop ID = 517 : 1XDGA.pdb.bin ( 114 - 120) INFO : 552 -15.503 = 4.000 - 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1.274) : AENPRYE : Loop ID = 268 : 1ZT1A.pdb.bin ( 40 - 46) INFO : 562 -15.742 = -6.000 - 80.50 * 0.348^2 ( 1.407) : PSETVTC : Loop ID = 316 : 1JFQH.pdb.bin ( 195 - 201) INFO : 563 -15.784 = -4.000 - 80.50 * 0.383^2 ( 3.132) : AEEECYV : Loop ID = 693 : 2FN0A.pdb.bin ( 22 - 28) INFO : 564 -15.799 = -2.000 - 80.50 * 0.414^2 ( 2.114) : LQREPNQ : Loop ID = 500 : 1I1IP.pdb.bin ( 649 - 655) INFO : 565 -15.826 = -6.000 - 80.50 * 0.349^2 ( 2.786) : QDESCSL : Loop ID = 624 : 1DKQA.pdb.bin ( 183 - 189) INFO : 566 -15.851 = -9.000 - 80.50 * 0.292^2 ( 1.328) : NSKIRMI : Loop ID = 287 : 1PVDA.pdb.bin ( 510 - 516) INFO : 567 -15.863 = -7.000 - 80.50 * 0.332^2 ( 1.558) : TPVNIIG : Loop ID = 357 : 1ODYB.pdb.bin ( 79 - 85) INFO : 568 -15.869 = -6.000 - 80.50 * 0.350^2 ( 1.820) : PSQTVTC : Loop ID = 427 : 1YNKH.pdb.bin ( 191 - 197) INFO : 569 -15.893 = -2.000 - 80.50 * 0.415^2 ( 0.778) : GRWTYVG : Loop ID = 130 : 2CW5A.pdb.bin ( 81 - 87) INFO : 570 -15.910 = -4.000 - 80.50 * 0.385^2 ( 0.797) : GTGIGSA : Loop ID = 135 : 1WOQA.pdb.bin ( 139 - 145) INFO : 571 -15.914 = 3.000 - 80.50 * 0.485^2 ( 4.137) : DTGAVKK : Loop ID = 864 : 1S72F.pdb.bin ( 24 - 30) INFO : 572 -15.925 = -9.000 - 80.50 * 0.293^2 ( 1.622) : SSQATII : Loop ID = 378 : 1T6BY.pdb.bin ( 45 - 51) INFO : 573 -15.939 = -8.000 - 80.50 * 0.314^2 ( 2.046) : FKVTFEV : Loop ID = 483 : 1PX5A.pdb.bin ( 100 - 106) INFO : 574 -15.952 = -8.000 - 80.50 * 0.314^2 ( 2.130) : TGLPYLL : Loop ID = 506 : 1U0KA.pdb.bin ( 156 - 162) INFO : 575 -15.966 = -7.000 - 80.50 * 0.334^2 ( 1.531) : FTSFDIK : Loop ID = 349 : 1URRA.pdb.bin ( 89 - 95) INFO : 576 -15.983 = -3.000 - 80.50 * 0.402^2 ( 3.543) : FNGGALL : Loop ID = 761 : 1V9NA.pdb.bin ( 205 - 211) INFO : 577 -15.990 = -2.000 - 80.50 * 0.417^2 ( 3.912) : PESPNQY : Loop ID = 826 : 1ECL_.pdb.bin ( 324 - 330) INFO : 578 -16.120 = -3.000 - 80.50 * 0.404^2 ( 3.750) : VGHRVHY : Loop ID = 796 : 1LZJA.pdb.bin ( 80 - 86) INFO : 579 -16.122 = -8.000 - 80.50 * 0.318^2 ( 2.128) : SDTLEVT : Loop ID = 505 : 1P42A.pdb.bin ( 142 - 148) INFO : 580 -16.129 = -1.000 - 80.50 * 0.434^2 ( 1.380) : DLYWQIT : Loop ID = 304 : 1XDHA.pdb.bin ( 189 - 195) INFO : 581 -16.156 = -1.000 - 80.50 * 0.434^2 ( 2.100) : FGISAPD : Loop ID = 495 : 1XCFA.pdb.bin ( 182 - 188) INFO : 582 -16.190 = -8.000 - 80.50 * 0.319^2 ( 0.904) : TPVPPAL : Loop ID = 170 : 1GSMA.pdb.bin ( 173 - 179) INFO : 583 -16.192 = -7.000 - 80.50 * 0.338^2 ( 0.665) : ASQNGII : Loop ID = 111 : 1CBG_.pdb.bin ( 242 - 248) INFO : 584 -16.218 = -1.000 - 80.50 * 0.435^2 ( 2.265) : NGNPNGE : Loop ID = 536 : 1MX1A.pdb.bin ( 484 - 490) INFO : 585 -16.236 = -2.000 - 80.50 * 0.421^2 ( 4.154) : QPKPDYG : Loop ID = 866 : 1Q7LA.pdb.bin ( 19 - 25) INFO : 586 -16.258 = -3.000 - 80.50 * 0.406^2 ( 3.473) : KGKPLVV : Loop ID = 747 : 1IM4A.pdb.bin ( 27 - 33) INFO : 587 -16.309 = -2.000 - 80.50 * 0.422^2 ( 2.297) : MAEDIHH : Loop ID = 545 : 1UNNC.pdb.bin ( 8 - 14) INFO : 588 -16.335 = -4.000 - 80.50 * 0.391^2 ( 2.954) : INGVAAG : Loop ID = 656 : 1JXZA.pdb.bin ( 105 - 111) INFO : 589 -16.346 = -6.000 - 80.50 * 0.358^2 ( 1.368) : GIVSGVQ : Loop ID = 301 : 1QMQA.pdb.bin ( 385 - 391) INFO : 590 -16.387 = -3.000 - 80.50 * 0.408^2 ( 3.741) : VGHRVHY : Loop ID = 793 : 1WSZA.pdb.bin ( 80 - 86) INFO : 591 -16.396 = -5.000 - 80.50 * 0.376^2 ( 2.872) : ITKPVDV : Loop ID = 637 : 1DAR_.pdb.bin ( 412 - 418) INFO : 592 -16.468 = -4.000 - 80.50 * 0.394^2 ( 3.095) : LGTSVRI : Loop ID = 686 : 1VRMA.pdb.bin ( 9 - 15) INFO : 593 -16.468 = 0.000 - 80.50 * 0.452^2 ( 3.757) : SSFGWRM : Loop ID = 798 : 1W0PA.pdb.bin ( 65 - 71) INFO : 594 -16.470 = -2.000 - 80.50 * 0.424^2 ( 1.085) : SINGGIV : Loop ID = 206 : 1RYPJ.pdb.bin ( 4 - 10) INFO : 595 -16.476 = -1.000 - 80.50 * 0.438^2 ( 3.517) : YEKDDMN : Loop ID = 756 : 1Y5IA.pdb.bin ( 791 - 797) INFO : 596 -16.491 = -3.000 - 80.50 * 0.409^2 ( 3.499) : VGHRVHY : Loop ID = 752 : 1LZIA.pdb.bin ( 80 - 86) INFO : 597 -16.569 = -3.000 - 80.50 * 0.411^2 ( 3.479) : VGHRVHY : Loop ID = 748 : 1WT1A.pdb.bin ( 80 - 86) INFO : 598 -16.602 = -5.000 - 80.50 * 0.380^2 ( 2.450) : FIRAPHI : Loop ID = 578 : 1Q7RA.pdb.bin ( 132 - 138) INFO : 599 -16.633 = -1.000 - 80.50 * 0.441^2 ( 3.064) : KKNPMGF : Loop ID = 678 : 1OS5A.pdb.bin ( 210 - 216) INFO : 600 -16.710 = -2.000 - 80.50 * 0.427^2 ( 1.499) : LWQRPLV : Loop ID = 337 : 1HVSA.pdb.bin ( 4 - 10) INFO : 601 -16.717 = -1.000 - 80.50 * 0.442^2 ( 2.242) : LSSPVTK : Loop ID = 529 : 1S3KL.pdb.bin ( 205 - 211) INFO : 602 -16.731 = -5.000 - 80.50 * 0.382^2 ( 3.241) : GALWWTA : Loop ID = 706 : 2BVYA.pdb.bin ( 417 - 423) INFO : 603 -16.744 = -8.000 - 80.50 * 0.330^2 ( 1.357) : LDGVKWL : Loop ID = 297 : 1TUOA.pdb.bin ( 393 - 399) INFO : 604 -16.751 = -4.000 - 80.50 * 0.398^2 ( 2.760) : LPTPIEL : Loop ID = 622 : 1TS2A.pdb.bin ( 93 - 99) INFO : 605 -16.759 = -1.000 - 80.50 * 0.442^2 ( 1.158) : TKHKIPI : Loop ID = 231 : 1NZ3A.pdb.bin ( 94 - 100) INFO : 606 -16.775 = -1.000 - 80.50 * 0.443^2 ( 3.052) : EDGPGVT : Loop ID = 674 : 1WPGA.pdb.bin ( 859 - 865) INFO : 607 -16.787 = -3.000 - 80.50 * 0.414^2 ( 3.214) : FSEFEPG : Loop ID = 699 : 1LTE_.pdb.bin ( 7 - 13) INFO : 608 -16.809 = -2.000 - 80.50 * 0.429^2 ( 3.749) : HKFGRNF : Loop ID = 795 : 3PMGA.pdb.bin ( 416 - 422) INFO : 609 -16.843 = -2.000 - 80.50 * 0.429^2 ( 3.817) : LQAPVRV : Loop ID = 809 : 2RAMA.pdb.bin ( 243 - 249) INFO : 610 -16.850 = -4.000 - 80.50 * 0.400^2 ( 3.102) : FVGAPLH : Loop ID = 690 : 1YOEA.pdb.bin ( 224 - 230) INFO : 611 -16.873 = -3.000 - 80.50 * 0.415^2 ( 3.704) : VGHRVHY : Loop ID = 787 : 1WT3A.pdb.bin ( 80 - 86) INFO : 612 -16.879 = -5.000 - 80.50 * 0.384^2 ( 3.428) : TIGVEFG : Loop ID = 741 : 1Z0KA.pdb.bin ( 36 - 42) INFO : 613 -16.924 = -7.000 - 80.50 * 0.351^2 ( 0.578) : PSATVTC : Loop ID = 95 : 1EAPB.pdb.bin ( 194 - 200) INFO : 614 -16.925 = -3.000 - 80.50 * 0.416^2 ( 4.292) : KRRPVIV : Loop ID = 887 : 1YXAA.pdb.bin ( 186 - 192) INFO : 615 -16.959 = -4.000 - 80.50 * 0.401^2 ( 3.691) : TSLGAVQ : Loop ID = 782 : 1GSMA.pdb.bin ( 42 - 48) INFO : 616 -17.005 = -4.000 - 80.50 * 0.402^2 ( 3.260) : INGVAAG : Loop ID = 709 : 1NZYA.pdb.bin ( 106 - 112) INFO : 617 -17.018 = -5.000 - 80.50 * 0.386^2 ( 2.953) : VGHPVIF : Loop ID = 654 : 1VZUA.pdb.bin ( 75 - 81) INFO : 618 -17.038 = -6.000 - 80.50 * 0.370^2 ( 3.469) : FASPIQL : Loop ID = 745 : 1BR5A.pdb.bin ( 225 - 231) INFO : 619 -17.074 = -9.000 - 80.50 * 0.317^2 ( 2.346) : TIGADFL : Loop ID = 561 : 1VG8A.pdb.bin ( 33 - 39) INFO : 620 -17.076 = -5.000 - 80.50 * 0.387^2 ( 3.597) : VGHPVIF : Loop ID = 769 : 1O7QA.pdb.bin ( 75 - 81) INFO : 621 -17.084 = -5.000 - 80.50 * 0.387^2 ( 3.492) : VGHPVIF : Loop ID = 750 : 1VZTA.pdb.bin ( 75 - 81) INFO : 622 -17.093 = -4.000 - 80.50 * 0.403^2 ( 3.130) : LKSPISI : Loop ID = 692 : 1OSPH.pdb.bin ( 62 - 68) INFO : 623 -17.099 = -5.000 - 80.50 * 0.388^2 ( 0.825) : PTNALVI : Loop ID = 143 : 1OGOX.pdb.bin ( 187 - 193) INFO : 624 -17.102 = -4.000 - 80.50 * 0.403^2 ( 2.478) : TGTFVNS : Loop ID = 581 : 1K7CA.pdb.bin ( 140 - 146) INFO : 625 -17.110 = -1.000 - 80.50 * 0.447^2 ( 2.386) : RHDVRAP : Loop ID = 567 : 12ASA.pdb.bin ( 206 - 212) INFO : 626 -17.111 = -4.000 - 80.50 * 0.404^2 ( 3.359) : DTGKIVM : Loop ID = 728 : 1H7MA.pdb.bin ( 12 - 18) INFO : 627 -17.127 = 3.000 - 80.50 * 0.500^2 ( 4.051) : AAYDFPG : Loop ID = 849 : 1YP5A.pdb.bin ( 4 - 10) INFO : 628 -17.183 = -2.000 - 80.50 * 0.434^2 ( 3.537) : TAEAKKE : Loop ID = 759 : 5CHY_.pdb.bin ( 85 - 91) INFO : 629 -17.205 = -7.000 - 80.50 * 0.356^2 ( 1.206) : NSLNVTE : Loop ID = 246 : 1AMUA.pdb.bin ( 194 - 200) INFO : 630 -17.246 = -5.000 - 80.50 * 0.390^2 ( 3.518) : VGHPVIF : Loop ID = 757 : 1O7RA.pdb.bin ( 75 - 81) INFO : 631 -17.268 = -4.000 - 80.50 * 0.406^2 ( 0.652) : KSYLTRV : Loop ID = 108 : 1P9BA.pdb.bin ( 261 - 267) INFO : 632 -17.297 = 2.000 - 80.50 * 0.490^2 ( 3.809) : RRNPPMG : Loop ID = 808 : 1PK6A.pdb.bin ( 9 - 15) INFO : 633 -17.311 = -8.000 - 80.50 * 0.340^2 ( 1.405) : HGKTIVV : Loop ID = 313 : 1HW5A.pdb.bin ( 198 - 204) INFO : 634 -17.391 = -4.000 - 80.50 * 0.408^2 ( 1.946) : QERVSND : Loop ID = 457 : 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- 42) INFO : 644 -17.655 = -4.000 - 80.50 * 0.412^2 ( 2.761) : VITGDSM : Loop ID = 623 : 1TKKA.pdb.bin ( 52 - 58) INFO : 645 -17.656 = -2.000 - 80.50 * 0.441^2 ( 2.858) : PSKPSYY : Loop ID = 636 : 5PGMA.pdb.bin ( 220 - 226) INFO : 646 -17.778 = -4.000 - 80.50 * 0.414^2 ( 3.139) : LPTPIEL : Loop ID = 694 : 1TS3A.pdb.bin ( 93 - 99) INFO : 647 -17.797 = -5.000 - 80.50 * 0.399^2 ( 3.042) : TIGVDFK : Loop ID = 673 : 1X3SA.pdb.bin ( 38 - 44) INFO : 648 -17.816 = -4.000 - 80.50 * 0.414^2 ( 0.583) : MNEPVQL : Loop ID = 98 : 1U7BA.pdb.bin ( 194 - 200) INFO : 649 -17.816 = -5.000 - 80.50 * 0.399^2 ( 1.125) : TPTNVIG : Loop ID = 217 : 1T7IA.pdb.bin ( 79 - 85) INFO : 650 -17.825 = 0.000 - 80.50 * 0.471^2 ( 3.268) : NEYLCGG : Loop ID = 711 : 1TON_.pdb.bin ( 19 - 25) INFO : 651 -17.832 = -3.000 - 80.50 * 0.429^2 ( 2.939) : LNDAVEL : Loop ID = 647 : 1EUWA.pdb.bin ( 36 - 42) INFO : 652 -17.842 = -2.000 - 80.50 * 0.444^2 ( 2.966) : DGGLRGY : Loop ID = 658 : 1UISA.pdb.bin ( 149 - 155) INFO : 653 -17.874 = 2.000 - 80.50 * 0.497^2 ( 2.836) : AIADYEK : Loop ID = 633 : 1NG2A.pdb.bin ( 6 - 12) INFO : 654 -17.992 = -6.000 - 80.50 * 0.386^2 ( 2.818) : KGKGVFL : Loop ID = 631 : 1ST9A.pdb.bin ( 23 - 29) INFO : 655 -18.051 = -6.000 - 80.50 * 0.387^2 ( 2.232) : WKKTFTL : Loop ID = 524 : 1O0IA.pdb.bin ( 1 - 7) INFO : 656 -18.096 = -4.000 - 80.50 * 0.418^2 ( 3.800) : GIVYVDR : Loop ID = 805 : 1V02A.pdb.bin ( 457 - 463) INFO : 657 -18.106 = -1.000 - 80.50 * 0.461^2 ( 2.577) : TGNGIVP : Loop ID = 600 : 1O7JA.pdb.bin ( 276 - 282) INFO : 658 -18.190 = -1.000 - 80.50 * 0.462^2 ( 2.856) : REGEALG : Loop ID = 635 : 1U5WA.pdb.bin ( 114 - 120) INFO : 659 -18.200 = -2.000 - 80.50 * 0.449^2 ( 3.869) : STSPIVK : Loop ID = 820 : 1FDLL.pdb.bin ( 200 - 206) INFO : 660 -18.249 = -4.000 - 80.50 * 0.421^2 ( 1.589) : PVKDCMI : Loop ID = 368 : 1DYWA.pdb.bin ( 158 - 164) INFO : 661 -18.273 = -3.000 - 80.50 * 0.436^2 ( 3.383) : QVLAYEP : Loop ID = 738 : 1SFFA.pdb.bin ( 77 - 83) INFO : 662 -18.281 = -3.000 - 80.50 * 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- 80.50 * 0.428^2 ( 2.956) : PETESLA : Loop ID = 657 : 5PGMA.pdb.bin ( 145 - 151) INFO : 709 -19.775 = -5.000 - 80.50 * 0.428^2 ( 3.218) : ITKPVDV : Loop ID = 701 : 2BM0A.pdb.bin ( 463 - 469) INFO : 710 -19.781 = -6.000 - 80.50 * 0.414^2 ( 4.081) : PSETVTC : Loop ID = 851 : 1WC7B.pdb.bin ( 198 - 204) INFO : 711 -19.806 = -4.000 - 80.50 * 0.443^2 ( 1.226) : GNVATPE : Loop ID = 254 : 1VRDA.pdb.bin ( 160 - 166) INFO : 712 -19.816 = -6.000 - 80.50 * 0.414^2 ( 3.990) : DLAQTVV : Loop ID = 839 : 1EQ6A.pdb.bin ( 119 - 125) INFO : 713 -19.837 = -7.000 - 80.50 * 0.399^2 ( 3.576) : IKWPVVE : Loop ID = 766 : 2F4LA.pdb.bin ( 190 - 196) INFO : 714 -19.878 = -4.000 - 80.50 * 0.444^2 ( 2.133) : LPLRRNV : Loop ID = 507 : 1YH1A.pdb.bin ( 292 - 298) INFO : 715 -20.001 = -10.000 - 80.50 * 0.352^2 ( 1.658) : NTVSQMV : Loop ID = 383 : 1HK9A.pdb.bin ( 42 - 48) INFO : 716 -20.151 = -6.000 - 80.50 * 0.419^2 ( 3.012) : RETRLVL : Loop ID = 670 : 1E79D.pdb.bin ( 32 - 38) INFO : 717 -20.167 = -6.000 - 80.50 * 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- 80.50 * 0.554^2 ( 1.115) : TDQAAFD : Loop ID = 216 : 1FSAA.pdb.bin ( 0 - 6) INFO : 855 -29.710 = -9.000 - 80.50 * 0.507^2 ( 3.216) : PKTAVWF : Loop ID = 700 : 1GTTA.pdb.bin ( 31 - 37) INFO : 856 -29.738 = 0.000 - 80.50 * 0.608^2 ( 3.368) : IEGHLRI : Loop ID = 732 : 1WUIL.pdb.bin ( 14 - 20) INFO : 857 -29.752 = -9.000 - 80.50 * 0.508^2 ( 4.338) : PDVPHCA : Loop ID = 894 : 2AIQA.pdb.bin ( 132 - 138) INFO : 858 -30.552 = -7.000 - 80.50 * 0.541^2 ( 4.124) : FESPVVL : Loop ID = 860 : 1NLIA.pdb.bin ( 209 - 215) INFO : 859 -30.751 = -7.000 - 80.50 * 0.543^2 ( 3.783) : FESPVVL : Loop ID = 802 : 1MRJ_.pdb.bin ( 208 - 214) INFO : 860 -31.119 = -8.000 - 80.50 * 0.536^2 ( 1.494) : SGDVQLA : Loop ID = 335 : 1CGLA.pdb.bin ( 142 - 148) INFO : 861 -31.159 = -9.000 - 80.50 * 0.525^2 ( 1.486) : GSRLVVA : Loop ID = 333 : 1TOAA.pdb.bin ( 74 - 80) INFO : 862 -31.257 = -7.000 - 80.50 * 0.549^2 ( 3.914) : FESPVVL : Loop ID = 827 : 1GISA.pdb.bin ( 209 - 215) INFO : 863 -31.272 = -11.000 - 80.50 * 0.502^2 ( 3.087) : RSVPVFV : Loop ID = 682 : 1XAUA.pdb.bin ( 62 - 68) INFO : 864 -31.340 = -2.000 - 80.50 * 0.604^2 ( 3.088) : STSPIVK : Loop ID = 683 : 2ADFL.pdb.bin ( 199 - 205) INFO : 865 -31.407 = 10.000 - 80.50 * 0.717^2 ( 2.750) : PWEGGGS : Loop ID = 621 : 1JF9A.pdb.bin ( 246 - 252) INFO : 866 -31.534 = -8.000 - 80.50 * 0.541^2 ( 1.261) : GDRIAVM : Loop ID = 261 : 1V43A.pdb.bin ( 195 - 201) INFO : 867 -32.198 = -5.000 - 80.50 * 0.581^2 ( 3.404) : QGKPAVL : Loop ID = 740 : 1LU4A.pdb.bin ( 22 - 28) INFO : 868 -32.617 = -10.000 - 80.50 * 0.530^2 ( 4.308) : DDSIELQ : Loop ID = 889 : 1C7FA.pdb.bin ( 60 - 66) INFO : 869 -32.669 = 10.000 - 80.50 * 0.728^2 ( 2.689) : PWEGGGS : Loop ID = 611 : 1KMJA.pdb.bin ( 246 - 252) INFO : 870 -33.022 = -4.000 - 80.50 * 0.600^2 ( 1.405) : GTGVNGA : Loop ID = 314 : 1IG8A.pdb.bin ( 215 - 221) INFO : 871 -33.604 = -1.000 - 80.50 * 0.636^2 ( 3.839) : FRGSYTF : Loop ID = 812 : 1G4WR.pdb.bin ( 191 - 197) INFO : 872 -33.893 = -9.000 - 80.50 * 0.556^2 ( 3.076) : TIGVEFL : Loop ID = 679 : 1YZLA.pdb.bin ( 35 - 41) INFO : 873 -34.294 = -1.000 - 80.50 * 0.643^2 ( 1.694) : KPFGIGE : Loop ID = 391 : 1ZH2A.pdb.bin ( 99 - 105) INFO : 874 -34.519 = -5.000 - 80.50 * 0.606^2 ( 1.362) : GPASVQA : Loop ID = 300 : 1EX0A.pdb.bin ( 392 - 398) INFO : 875 -34.734 = -1.000 - 80.50 * 0.647^2 ( 1.576) : KPFNPRE : Loop ID = 362 : 1XHFA.pdb.bin ( 98 - 104) INFO : 876 -35.760 = -10.000 - 80.50 * 0.566^2 ( 1.579) : GDILVVA : Loop ID = 364 : 1A4IA.pdb.bin ( 207 - 213) INFO : 877 -35.846 = -5.000 - 80.50 * 0.619^2 ( 1.312) : GPASVQA : Loop ID = 282 : 1EVUA.pdb.bin ( 396 - 402) INFO : 878 -36.213 = -6.000 - 80.50 * 0.613^2 ( 3.861) : APTYLAA : Loop ID = 819 : 1X0MA.pdb.bin ( 125 - 131) INFO : 879 -36.797 = -6.000 - 80.50 * 0.619^2 ( 3.503) : APTYLAA : Loop ID = 754 : 1WSTA.pdb.bin ( 124 - 130) INFO : 880 -38.410 = -7.000 - 80.50 * 0.625^2 ( 3.440) : KVVSCSA : Loop ID = 742 : 2MCM_.pdb.bin ( 88 - 94) INFO : 881 -40.682 = -6.000 - 80.50 * 0.656^2 ( 4.042) : YLSVGDT : Loop ID = 847 : 1SUR_.pdb.bin ( 207 - 213) INFO : 882 -41.245 = -1.000 - 80.50 * 0.707^2 ( 4.341) : LTARHST : Loop ID = 895 : 2BEMA.pdb.bin ( 82 - 88) INFO : 883 -41.873 = -2.000 - 80.50 * 0.704^2 ( 4.290) : NVFQADD : Loop ID = 886 : 1YNYA.pdb.bin ( 151 - 157) INFO : 884 -43.394 = -3.000 - 80.50 * 0.708^2 ( 1.929) : KPFSNRE : Loop ID = 451 : 1NXPA.pdb.bin ( 99 - 105) INFO : 885 -43.730 = -11.000 - 80.50 * 0.638^2 ( 1.663) : ADKIVVL : Loop ID = 384 : 2AWNA.pdb.bin ( 157 - 163) INFO : 886 -43.951 = -1.000 - 80.50 * 0.730^2 ( 2.307) : WPVNPDS : Loop ID = 548 : 1MY8A.pdb.bin ( 272 - 278) INFO : 887 -47.287 = -3.000 - 80.50 * 0.742^2 ( 2.651) : KPFEEQA : Loop ID = 608 : 1YIOA.pdb.bin ( 102 - 108) INFO : 888 -52.464 = -5.000 - 80.50 * 0.768^2 ( 2.555) : WPVEANT : Loop ID = 596 : 1XX2A.pdb.bin ( 274 - 280) INFO : 889 -52.813 = -5.000 - 80.50 * 0.771^2 ( 2.726) : WPVEANT : Loop ID = 616 : 1S6RA.pdb.bin ( 273 - 279) INFO : 890 -53.694 = -4.000 - 80.50 * 0.786^2 ( 3.082) : NPSWPNH : Loop ID = 681 : 1SPA_.pdb.bin ( 126 - 132) INFO : 891 -54.085 = -2.000 - 80.50 * 0.804^2 ( 3.645) : RTSITPR : Loop ID = 776 : 1KM8A.pdb.bin ( 71 - 77) INFO : 892 -57.844 = -4.000 - 80.50 * 0.818^2 ( 3.539) : NPSWPNH : Loop ID = 760 : 1TOGA.pdb.bin ( 126 - 132) INFO : 893 -62.594 = -4.000 - 80.50 * 0.853^2 ( 3.784) : KPTWANH : Loop ID = 803 : 1YAAA.pdb.bin ( 130 - 136) INFO : 894 -68.305 = -5.000 - 80.50 * 0.887^2 ( 2.995) : WPVEANT : Loop ID = 666 : 1RGZA.pdb.bin ( 277 - 283) INFO : 895 -70.511 = -1.000 - 80.50 * 0.929^2 ( 3.060) : WPVNPDS : Loop ID = 676 : 1L0EA.pdb.bin ( 272 - 278) WARN : Steric clash between A 135 -> P 142 = 3.119 in loop 605 - 1JALA.pdb.bin WARN : Steric clash between V 151 -> T 143 = 3.122 in loop 543 - 1MZ5A.pdb.bin INFO : Identifed 893 loops for gap 139 - 145 : 'NIDPTEL' WARN : Model missing 2 N-terminal residues WARN : Model missing 3 C-terminal residues ________________________________________________________________________________ INFO : Cyclic-Coordinate Descent (CCD) and selection for gap 139 - 145 INFO : CCD : Closed loop 82 in 72 N->C cycles (RMSD = 0.0796801 : N-C = 1.26939) INFO : CCD : Closed loop 93 in 124 N->C cycles (RMSD = 0.0799559 : N-C = 1.28374) INFO : CCD : Closed loop 83 in 90 N->C cycles (RMSD = 0.0797053 : N-C = 1.28549) INFO : CCD : Closed loop 61 in 35 N->C cycles (RMSD = 0.079799 : N-C = 1.30016) INFO : CCD : Closed loop 387 in 635 N->C cycles (RMSD = 0.0799945 : N-C = 1.29521) INFO : CCD : Closed loop 81 in 67 N->C cycles (RMSD = 0.0799025 : N-C = 1.28746) INFO : CCD : Closed loop 113 in 222 N->C cycles (RMSD = 0.0799788 : N-C = 1.32421) INFO : CCD : Closed loop 100 in 88 N->C cycles (RMSD = 0.0798683 : N-C = 1.26639) INFO : CCD : Closed loop 54 in 86 N->C cycles (RMSD = 0.0799788 : N-C = 1.32857) INFO : CCD : Closed loop 59 in 1583 N->C cycles (RMSD = 0.0799624 : N-C = 1.31294) INFO : CCD : Closed loop 18 in 199 N->C cycles (RMSD = 0.0799966 : N-C = 1.30872) INFO : CCD : Closed loop 129 in 149 N->C cycles (RMSD = 0.0799577 : N-C = 1.32792) INFO : CCD : Closed loop 16 in 35 N->C cycles (RMSD = 0.0799842 : N-C = 1.27457) INFO : CCD : Closed loop 179 in 50 N->C cycles (RMSD = 0.078488 : N-C = 1.30349) INFO : CCD : Closed loop 50 in 183 N->C cycles (RMSD = 0.079999 : N-C = 1.31273) ERROR : CCD : Failed loop 152 in 5000 N->C cycles (RMSD = 0.121737 : N-C = 1.32415) INFO : CCD : Closed loop 200 in 226 N->C cycles (RMSD = 0.0799977 : N-C = 1.35198) INFO : CCD : Closed loop 38 in 361 N->C cycles (RMSD = 0.0799852 : N-C = 1.3058) INFO : CCD : Closed loop 28 in 355 N->C cycles (RMSD = 0.0799803 : N-C = 1.31128) INFO : CCD : Closed loop 30 in 355 N->C cycles (RMSD = 0.0799856 : N-C = 1.31927) INFO : CCD : Closed loop 34 in 455 N->C cycles (RMSD = 0.079991 : N-C = 1.31938) ________________________________________________________________________________ INFO : Cyclic-Coordinate Descent (CCD) and selection for gap 35 - 40 INFO : CCD : Closed loop 1 in 659 N->C cycles (RMSD = 0.0799995 : N-C = 1.39132) ________________________________________________________________________________ WARN : Number of combinations exceeds maximum number (20 x 1 = 20 > 10) INFO : Randomly assembling loop combinations INFO : Combining loops by simulated annealing. T = 2.00 -> 0 in 200 steps (T update = 0.01) INFO : Combination 1 / 10 INFO : 1 : Energy = -175.066 (T = 2.00) : I = 0 : R = 0 : RoG = 45.162 : PP = 54.830 : SP = -1.479 : SE = 5.798 : HO = -269.291 : TE = -10.085085 INFO : 1 : Energy = -169.970 (T = 1.98) : I = 2 : R = 2 : RoG = 45.607 : PP = 59.065 : SP = -1.428 : SE = 11.463 : HO = -274.521 : TE = -10.155084 INFO : 1 : Energy = -177.908 (T = 1.96) : I = 3 : R = 3 : RoG = 45.796 : PP = 55.786 : SP = -1.692 : SE = 8.258 : HO = -275.934 : TE = -10.120975 INFO : 1 : Energy = -171.964 (T = 1.94) : I = 5 : R = 5 : RoG = 45.592 : PP = 58.927 : SP = -1.760 : SE = 10.715 : HO = -275.267 : TE = -10.171732 INFO : 1 : Energy = -173.822 (T = 1.92) : I = 6 : R = 6 : RoG = 45.668 : PP = 57.646 : SP = -1.328 : SE = 9.424 : HO = -275.068 : TE = -10.163841 INFO : 1 : Energy = -177.765 (T = 1.90) : I = 8 : R = 8 : RoG = 45.811 : PP = 55.773 : SP = -1.366 : SE = 8.381 : HO = -276.231 : TE = -10.131514 INFO : 1 : Energy = -177.358 (T = 1.88) : I = 9 : R = 9 : RoG = 45.822 : PP = 55.838 : SP = -1.326 : SE = 8.236 : HO = -275.804 : TE = -10.123961 INFO : 1 : Energy = -177.358 (T = 1.86) : I = 11 : R = 10 : RoG = 45.822 : PP = 55.838 : SP = -1.326 : SE = 8.236 : HO = -275.804 : TE = -10.123961 INFO : 1 : Energy = -177.159 (T = 1.84) : I = 12 : R = 11 : RoG = 45.806 : PP = 55.809 : SP = -1.446 : SE = 8.493 : HO = -275.701 : TE = -10.119569 INFO : 1 : Energy = -177.159 (T = 1.82) : I = 13 : R = 11 : RoG = 45.806 : PP = 55.809 : SP = -1.446 : SE = 8.493 : HO = -275.701 : TE = -10.119569 INFO : 1 : Energy = -177.159 (T = 1.80) : I = 15 : R = 12 : RoG = 45.806 : PP = 55.809 : SP = -1.446 : SE = 8.493 : HO = -275.701 : TE = -10.119569 INFO : 1 : Energy = -177.159 (T = 1.78) : I = 16 : R = 12 : RoG = 45.806 : PP = 55.809 : SP = -1.446 : SE = 8.493 : HO = -275.701 : TE = -10.119569 INFO : 1 : Energy = -177.159 (T = 1.76) : I = 17 : R = 12 : RoG = 45.806 : PP = 55.809 : SP = -1.446 : SE = 8.493 : HO = -275.701 : TE = -10.119569 INFO : 1 : Energy = -177.159 (T = 1.74) : I = 18 : R = 13 : RoG = 45.806 : PP = 55.809 : SP = -1.446 : SE = 8.493 : HO = -275.701 : TE = -10.119569 INFO : 1 : Energy = -177.159 (T = 1.72) : I = 19 : R = 13 : RoG = 45.806 : PP = 55.809 : SP = -1.446 : SE = 8.493 : HO = -275.701 : TE = -10.119569 INFO : 1 : Energy = -177.159 (T = 1.70) : I = 21 : R = 14 : RoG = 45.806 : PP = 55.809 : SP = -1.446 : SE = 8.493 : HO = -275.701 : TE = -10.119569 INFO : 1 : Energy = -177.358 (T = 1.68) : I = 22 : R = 15 : RoG = 45.822 : PP = 55.838 : SP = -1.326 : SE = 8.236 : HO = -275.804 : TE = -10.123961 INFO : 1 : Energy = -177.912 (T = 1.66) : I = 24 : R = 17 : RoG = 45.826 : PP = 56.168 : SP = -1.266 : SE = 8.236 : HO = -276.744 : TE = -10.131920 INFO : 1 : Energy = -177.912 (T = 1.64) : I = 26 : R = 18 : RoG = 45.826 : PP = 56.168 : SP = -1.266 : SE = 8.236 : HO = -276.744 : TE = -10.131920 INFO : 1 : Energy = -177.029 (T = 1.62) : I = 27 : R = 19 : RoG = 45.821 : PP = 55.670 : SP = -1.522 : SE = 8.580 : HO = -275.470 : TE = -10.107838 INFO : 1 : Energy = -177.765 (T = 1.60) : I = 29 : R = 21 : RoG = 45.811 : PP = 55.773 : SP = -1.366 : SE = 8.381 : HO = -276.231 : TE = -10.131514 INFO : 1 : Energy = -177.159 (T = 1.58) : I = 30 : R = 22 : RoG = 45.806 : PP = 55.809 : SP = -1.446 : SE = 8.493 : HO = -275.701 : TE = -10.119569 INFO : 1 : Energy = -173.739 (T = 1.56) : I = 31 : R = 23 : RoG = 45.673 : PP = 57.521 : SP = -1.300 : SE = 9.562 : HO = -275.044 : TE = -10.151134 INFO : 1 : Energy = -177.159 (T = 1.54) : I = 33 : R = 25 : RoG = 45.806 : PP = 55.809 : SP = -1.446 : SE = 8.493 : HO = -275.701 : TE = -10.119569 INFO : 1 : Energy = -177.912 (T = 1.52) : I = 34 : R = 26 : RoG = 45.826 : PP = 56.168 : SP = -1.266 : SE = 8.236 : HO = -276.744 : TE = -10.131920 INFO : 1 : Energy = -177.912 (T = 1.50) : I = 35 : R = 26 : RoG = 45.826 : PP = 56.168 : SP = -1.266 : SE = 8.236 : HO = -276.744 : TE = -10.131920 INFO : 1 : Energy = -177.912 (T = 1.48) : I = 37 : R = 27 : RoG = 45.826 : PP = 56.168 : SP = -1.266 : SE = 8.236 : HO = -276.744 : TE = -10.131920 INFO : 1 : Energy = -177.159 (T = 1.46) : I = 38 : R = 28 : RoG = 45.806 : PP = 55.809 : SP = -1.446 : SE = 8.493 : HO = -275.701 : TE = -10.119569 INFO : 1 : Energy = -177.159 (T = 1.44) : I = 40 : R = 29 : RoG = 45.806 : PP = 55.809 : SP = -1.446 : SE = 8.493 : HO = -275.701 : TE = -10.119569 INFO : 1 : Energy = -177.159 (T = 1.42) : I = 41 : R = 29 : RoG = 45.806 : PP = 55.809 : SP = -1.446 : SE = 8.493 : HO = -275.701 : TE = -10.119569 INFO : 1 : Energy = -177.159 (T = 1.40) : I = 42 : R = 29 : RoG = 45.806 : PP = 55.809 : SP = -1.446 : SE = 8.493 : HO = -275.701 : TE = -10.119569 INFO : 1 : Energy = -177.159 (T = 1.38) : I = 43 : R = 29 : RoG = 45.806 : PP = 55.809 : SP = -1.446 : SE = 8.493 : HO = -275.701 : TE = -10.119569 INFO : 1 : Energy = -177.159 (T = 1.36) : I = 44 : R = 29 : RoG = 45.806 : PP = 55.809 : SP = -1.446 : SE = 8.493 : HO = -275.701 : TE = -10.119569 INFO : 1 : Energy = -177.159 (T = 1.34) : I = 45 : R = 29 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8.258 : HO = -275.934 : TE = -10.120975 INFO : 10 : Energy = -177.908 (T = 0.48) : I = 103 : R = 60 : RoG = 45.796 : PP = 55.786 : SP = -1.692 : SE = 8.258 : HO = -275.934 : TE = -10.120975 INFO : 10 : Energy = -176.880 (T = 0.46) : I = 104 : R = 61 : RoG = 45.819 : PP = 55.884 : SP = -1.562 : SE = 8.598 : HO = -275.507 : TE = -10.111776 INFO : 10 : Energy = -176.880 (T = 0.44) : I = 105 : R = 61 : RoG = 45.819 : PP = 55.884 : SP = -1.562 : SE = 8.598 : HO = -275.507 : TE = -10.111776 INFO : 10 : Energy = -176.880 (T = 0.42) : I = 107 : R = 62 : RoG = 45.819 : PP = 55.884 : SP = -1.562 : SE = 8.598 : HO = -275.507 : TE = -10.111776 INFO : 10 : Energy = -176.880 (T = 0.40) : I = 108 : R = 62 : RoG = 45.819 : PP = 55.884 : SP = -1.562 : SE = 8.598 : HO = -275.507 : TE = -10.111776 INFO : 10 : Energy = -177.159 (T = 0.38) : I = 109 : R = 63 : RoG = 45.806 : PP = 55.809 : SP = -1.446 : SE = 8.493 : HO = -275.701 : TE = -10.119569 INFO : 10 : Energy = -177.765 (T = 0.36) : I = 110 : R = 64 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: Energy = -177.765 (T = 0.22) : I = 120 : R = 69 : RoG = 45.811 : PP = 55.773 : SP = -1.366 : SE = 8.381 : HO = -276.231 : TE = -10.131514 INFO : 10 : Energy = -177.765 (T = 0.20) : I = 121 : R = 70 : RoG = 45.811 : PP = 55.773 : SP = -1.366 : SE = 8.381 : HO = -276.231 : TE = -10.131514 INFO : 10 : Energy = -177.765 (T = 0.18) : I = 123 : R = 72 : RoG = 45.811 : PP = 55.773 : SP = -1.366 : SE = 8.381 : HO = -276.231 : TE = -10.131514 INFO : 10 : Energy = -177.765 (T = 0.16) : I = 125 : R = 73 : RoG = 45.811 : PP = 55.773 : SP = -1.366 : SE = 8.381 : HO = -276.231 : TE = -10.131514 INFO : 10 : Energy = -177.765 (T = 0.14) : I = 126 : R = 74 : RoG = 45.811 : PP = 55.773 : SP = -1.366 : SE = 8.381 : HO = -276.231 : TE = -10.131514 INFO : 10 : Energy = -177.765 (T = 0.12) : I = 127 : R = 74 : RoG = 45.811 : PP = 55.773 : SP = -1.366 : SE = 8.381 : HO = -276.231 : TE = -10.131514 INFO : 10 : Energy = -177.765 (T = 0.10) : I = 129 : R = 75 : RoG = 45.811 : PP = 55.773 : SP = -1.366 : SE = 8.381 : HO = -276.231 : TE = -10.131514 INFO : 10 : Energy = -177.765 (T = 0.08) : I = 130 : R = 76 : RoG = 45.811 : PP = 55.773 : SP = -1.366 : SE = 8.381 : HO = -276.231 : TE = -10.131514 INFO : 10 : Energy = -177.765 (T = 0.06) : I = 132 : R = 77 : RoG = 45.811 : PP = 55.773 : SP = -1.366 : SE = 8.381 : HO = -276.231 : TE = -10.131514 INFO : 10 : Energy = -177.765 (T = 0.04) : I = 133 : R = 77 : RoG = 45.811 : PP = 55.773 : SP = -1.366 : SE = 8.381 : HO = -276.231 : TE = -10.131514 INFO : 10 : Energy = -177.765 (T = 0.02) : I = 134 : R = 77 : RoG = 45.811 : PP = 55.773 : SP = -1.366 : SE = 8.381 : HO = -276.231 : TE = -10.131514 INFO : Assembled 10 loop combinations ________________________________________________________________________________ INFO : Ranking final models by energy INFO : Outputting models to dir 'loop/model.1' INFO : model.1.pdb : Energy = -177.912 (T = 0) : I = 130 : R = 70 : RoG = 45.826 : PP = 56.168 : SP = -1.266 : SE = 8.236 : HO = -276.744 : TE = -10.131920 INFO : model.2.pdb : Energy = -177.912 (T = 0) : I = 124 : R = 57 : RoG = 45.826 : PP = 56.168 : SP = -1.266 : SE = 8.236 : HO = -276.744 : TE = -10.131920 INFO : model.3.pdb : Energy = -177.908 (T = 0) : I = 128 : R = 65 : RoG = 45.796 : PP = 55.786 : SP = -1.692 : SE = 8.258 : HO = -275.934 : TE = -10.120975 INFO : model.4.pdb : Energy = -177.908 (T = 0) : I = 124 : R = 63 : RoG = 45.796 : PP = 55.786 : SP = -1.692 : SE = 8.258 : HO = -275.934 : TE = -10.120975 INFO : model.5.pdb : Energy = -177.908 (T = 0) : I = 126 : R = 57 : RoG = 45.796 : PP = 55.786 : SP = -1.692 : SE = 8.258 : HO = -275.934 : TE = -10.120975 INFO : model.6.pdb : Energy = -177.908 (T = 0) : I = 134 : R = 78 : RoG = 45.796 : PP = 55.786 : SP = -1.692 : SE = 8.258 : HO = -275.934 : TE = -10.120975 INFO : model.7.pdb : Energy = -177.908 (T = 0) : I = 127 : R = 66 : RoG = 45.796 : PP = 55.786 : SP = -1.692 : SE = 8.258 : HO = -275.934 : TE = -10.120975 INFO : model.8.pdb : Energy = -177.765 (T = 0) : I = 135 : R = 77 : RoG = 45.811 : PP = 55.773 : SP = -1.366 : SE = 8.381 : HO = -276.231 : TE = -10.131514 INFO : model.9.pdb : Energy = -177.765 (T = 0) : I = 129 : R = 70 : RoG = 45.811 : PP = 55.773 : SP = -1.366 : SE = 8.381 : HO = -276.231 : TE = -10.131514 INFO : model.10.pdb : Energy = -177.765 (T = 0) : I = 127 : R = 65 : RoG = 45.811 : PP = 55.773 : SP = -1.366 : SE = 8.381 : HO = -276.231 : TE = -10.131514 ________________________________________________________________________________ INFO : Model building complete ________________________________________________________________________________